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- PDB-3lfg: Crystal structure of HPr-C-His from Thermoanaerobacter tengcongensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lfg
タイトルCrystal structure of HPr-C-His from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素Phosphotransferase system, HPr-related proteins
キーワードTRANSFERASE / HPr fruB phosphotransfer PTS / Kinase / Phosphotransferase system
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Fu, T.M. / Su, X.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Dimerization of HPr by reversible domain swapping
著者: Fu, T.M. / Su, X.D.
履歴
登録2010年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotransferase system, HPr-related proteins
B: Phosphotransferase system, HPr-related proteins
C: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0743
ポリマ－32,0743
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6911
ポリマ－10,6911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6911
ポリマ－10,6911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6911
ポリマ－10,6911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.712, 68.841, 78.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphotransferase system, HPr-related proteins


分子量: 10691.167 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4T / 遺伝子: FruB, TTE1820 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R910
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M NaAc pH 4.6, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 37529 / Num. obs: 37192 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.36 Å2 / Rsym value: 0.116
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4.7 % / Num. unique all: 1683 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→28.16 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.863 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1695 5.07 %
Rwork0.1905 --
obs0.1917 33413 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.793 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.92 Å2 / Biso mean: 19.972 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.993 Å2-0 Å20 Å2
2---5.646 Å2-0 Å2
3---8.639 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→28.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 0 275 2224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1092661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.284324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.994722
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.6260.2341320.1729633095100
1.626-1.6790.2021550.16229473102100
1.679-1.7390.21870.15229133100100
1.739-1.8090.191460.15529803126100
1.809-1.8910.1881210.1732663278497
1.891-1.990.22900.2041623171369
1.99-2.1150.1771600.1729673127100
2.115-2.2780.23980.1721701179997
2.278-2.5070.1981420.1842792293499
2.507-2.870.2141620.18729983160100
2.87-3.6150.1991640.192745290998
3.615-28.1640.21380.1862426256484
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.16 Å / Origin y: -10.8294 Å / Origin z: 11.0281 Å
111213212223313233
T0.1036 Å2-0.0018 Å2-0.009 Å2-0.104 Å2-0.0109 Å2--0.0946 Å2
L0.1656 °2-0.0628 °2-0.0582 °2-0.3064 °2-0.2154 °2--0.2341 °2
S0.0125 Å °0.0009 Å °0.0128 Å °-0.0155 Å °-0.0093 Å °-0.0094 Å °0.0059 Å °0.0047 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 89
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 88
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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