PDB-3lf1: Apo structure of The Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2 from Pseud...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lf1

タイトル

Apo structure of The Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Containing an Atypical Catalytic Center

要素

Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sdr / SCOR / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.315 Å

データ登録者

Huether, R. / Umland, T.C. / Duax, W.L.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: The short-chain oxidoreductase Q9HYA2 from Pseudomonas aeruginosa PAO1 contains an atypical catalytic center.
著者: Huether, R. / Mao, Q. / Duax, W.L. / Umland, T.C.

履歴

登録	2010年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lf1.cif.gz	208.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lf1.ent.gz	167.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lf1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lf1_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lf1_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	3lf1_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	3lf1_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lf1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lf2C 1yxmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lf2-d 6ow4-2 4fm1-d 6ow4-1 4v4c-7 1fiy-d 6usr-d 9013 6i60-1 6ago-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

B: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

ヘテロ分子

57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

B: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

ヘテロ分子

A: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

B: Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.152, 128.645, 59.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-267- MN
2	1	B-267- MN
3	1	B-268- MN
4	1	A-390- HOH
5	1	B-334- HOH
6	1	B-388- HOH

#1: タンパク質	Short Chain Oxidoreductase Q9HYA2 分子量: 28521.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3507 / プラスミド: pETSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYA2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM Mes, 100mM MnCl2, 20%(v/v) MPD 5%(w/v) PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979454 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979454 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 20458 / Num. obs: 19640 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_sym value: 0.065 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1541 / R_sym value: 0.229 / Χ²: 0.434 / % possible all: 76.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 45.9

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	49.3 Å
Translation	2.5 Å	49.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YXM

1yxm

解像度: 2.315→43.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	1001	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.175	19618	96.67 %	-
all	-	20308	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.761 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.22 Å² / B_iso mean: 30.308 Å² / B_iso min: 5.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.981 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.044 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.315→43.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3962	0	5	258	4225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.924	5462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.017	1452

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.315-2.437	0.307	121	0.183	2218	2339	2218	83
2.437-2.59	0.224	146	0.176	2605	2751	2605	96
2.59-2.79	0.275	146	0.161	2695	2841	2695	99
2.79-3.07	0.235	140	0.172	2722	2862	2722	100
3.07-3.514	0.25	143	0.166	2765	2908	2765	100
3.514-4.427	0.208	159	0.147	2749	2908	2749	100
4.427-43.817	0.236	146	0.188	2863	3009	2863	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2668	-0.1256	-0.0915	0.2877	0.0238	0.177	-0.0449	0.0338	-0.0292	-0.0155	0.0066	0.0322	0.054	-0.0334	0.0408	0.093	-0.0379	0.0203	0.0739	0.0021	0.0729	16.2636	47.6179	25.8154
2	0.2781	-0.0126	-0.0838	0.0352	-0.116	0.2984	-0.0212	-0.001	0.014	0.0157	0.0213	-0.0831	0.0608	0.0202	-0.0005	0.0705	0.025	-0.0008	0.0506	-0.0043	0.0842	45.5002	47.6716	34.6142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	4 - 265
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	4 - 265

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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