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- PDB-3lcz: B.licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcz
タイトルB.licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecameric particles with the same symmetry but inverted orientation of trimers
要素Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
キーワードGENE REGULATION / Anti-TRAP / AT / TRAP / tryptophan RNA-binding attenuation protein / transcription attenuation / antitermination / transcription factors / tryptophan biosynthesis regulation
機能・相同性Chaperone, DNAj Protein; Chain A / Chaperone, DNAj Protein; Chain A - #10 / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Other non-globular / Special / metal ion binding / Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Bacillus licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecameric particles with the same symmetry but inverted orientation of trimers.
著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Isupov, M.N. / Leech, A. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2288
ポリマ－22,9664
非ポリマー2624
水2,036113
1
A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子

A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子

A: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
B: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
C: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
D: Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,68424
ポリマ－68,89912
非ポリマー78512
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area23660 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.076, 108.076, 49.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA / YczA


分子量: 5741.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: 5A32 / 遺伝子: BL05022, BLi00308, rtpA, rtpA (YczA), yczA / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) competent cells / 参照: UniProt: Q65NU7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.5-6.0 and 23-27 % of poly(ethylene) glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→54 Å / Num. all: 13298 / Num. obs: 13005 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1265 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0008精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2bx9

2bx9


解像度: 2.06→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.741 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28578 647 5 %RANDOM
Rwork0.21309 ---
all0.21661 ---
obs0.21661 12301 97.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.226 Å0.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 4 113 1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.9982228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.945208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84226.30865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49315297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.677154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2890.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5971.51085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.54221721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1013602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.584.5507
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.062→2.116 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 46 -
Rwork0.253 879 -
obs-925 94.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.36140.87292.85584.96142.0587.78540.1564-0.296-0.15350.34190.0088-0.5899-0.3042-0.0513-0.1652-0.17380.06610.111-0.28930.1883-0.125514.702153.2536-5.0297
29.8395-9.2118-1.74799.03531.76470.35060.17150.3598-0.4802-0.3434-0.0061-0.0905-0.1040.0086-0.1654-0.15760.07890.2379-0.1291-0.0020.031718.935340.171-18.969
39.7015-2.8626-4.35936.10263.44367.22530.0038-0.40410.05390.4517-0.136-0.41430.05520.04940.1322-0.1752-0.01260.0642-0.25180.2341-0.08399.082148.6509-0.6028
44.1207-2.50915.664610.1113-7.518811.75640.3578-0.49-0.29861.4938-0.1428-0.4960.4233-0.3045-0.2150.46110.04370.18160.05840.19340.08121.692540.346815.2369
55.3748-0.6244-0.445615.9451-0.66589.2023-0.0618-0.5626-0.35290.3366-0.2993-0.8923-0.317-0.00620.3611-0.14420.02960.0248-0.11430.1808-0.193213.085355.3372.8693
62.7968-1.5976-3.94370.91262.25275.5609-0.2639-0.59510.6928-0.98380.6117-0.5711-0.10561.2782-0.34790.4932-0.1615-0.1360.23160.20630.831127.287166.97376.4076
711.13790.2383.35088.0469-1.6224.4262-0.40320.3091-0.1135-0.1413-0.0777-0.1854-0.1931-0.30930.4809-0.15360.03070.0812-0.1857-0.0614-0.38751.744757.912-24.0793
85.6393-3.738-6.56533.33952.621111.1194-0.42731.0341-0.1216-0.2214-0.26650.50410.51080.02820.6938-0.1065-0.01190.11330.22960.057-0.031520.601751.6127-29.3742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION1A36 - 53
3X-RAY DIFFRACTION2A10 - 35
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 9
5X-RAY DIFFRACTION3B36 - 53
6X-RAY DIFFRACTION4B10 - 35
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION5C36 - 53
9X-RAY DIFFRACTION6C10 - 35
10X-RAY DIFFRACTION7D1 - 9
11X-RAY DIFFRACTION7D36 - 53
12X-RAY DIFFRACTION8D10 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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