+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lcz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | B.licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecameric particles with the same symmetry but inverted orientation of trimers | ||||||
要素 | Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / Anti-TRAP / AT / TRAP / tryptophan RNA-binding attenuation protein / transcription attenuation / antitermination / transcription factors / tryptophan biosynthesis regulation | ||||||
機能・相同性 | Chaperone, DNAj Protein; Chain A / Chaperone, DNAj Protein; Chain A - #10 / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein inhibitory protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / Other non-globular / Special / metal ion binding / Inhibitor of TRAP, regulated by T-BOX (Trp) sequence RtpA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus licheniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010 タイトル: Bacillus licheniformis Anti-TRAP can assemble into two types of dodecameric particles with the same symmetry but inverted orientation of trimers. 著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Isupov, M.N. / Leech, A. / Gollnick, P. / Antson, A.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lcz.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3lcz.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lcz_validation.pdf.gz | 417.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3lcz_full_validation.pdf.gz | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lcz_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lcz_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lcz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5741.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 株: 5A32 / 遺伝子: BL05022, BLi00308, rtpA, rtpA (YczA), yczA / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3) competent cells / 参照: UniProt: Q65NU7 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.5-6.0 and 23-27 % of poly(ethylene) glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.28 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→54 Å / Num. all: 13298 / Num. obs: 13005 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1265 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2bx9 解像度: 2.06→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.741 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.009 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→28.76 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.062→2.116 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|