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- PDB-3lcy: Titin Ig tandem domains A164-A165 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcy
タイトルTitin Ig tandem domains A164-A165
要素Titin
キーワードTRANSFERASE / Titin / A-band / Ig tandem domains / ATP-binding / Calmodulin-binding / Cardiomyopathy / Disease mutation / Disulfide bond / Immunoglobulin domain / Isopeptide bond / Kelch repeat / Kinase / Limb-girdle muscular dystrophy / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / TPR repeat / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / response to calcium ion / Z disc / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, Q. / Groves, M.R. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural investigation of the Titin A-band tandem Ig domains A164-A165
著者: Chen, Q. / Wilmanns, M.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Titin
B: Titin
C: Titin
D: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9944
ポリマ-88,9944
非ポリマー00
5,981332
1
A: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2481
ポリマ-22,2481
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2481
ポリマ-22,2481
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2481
ポリマ-22,2481
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Titin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2481
ポリマ-22,2481
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.086, 103.821, 116.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22B
13D
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 197 / Label seq-ID: 4 - 197

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22BB
13DD
23BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細Monomer in solution as determined by static light scattering

-
要素

#1: タンパク質
Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 22248.428 Da / 分子数: 4 / 断片: Titin A-band tandem Ig domains A164-A165 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: sarcomere / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pETZ2_1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes PH 7.5, 10% iso-propanol 8.5% PEG20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8088 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.06 Å / Num. all: 32998 / Num. obs: 32969 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_276精密化
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→36.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 22.367 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1666 5.1 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2035 31271 99.37 %-
all-48357 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 3.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å2-0 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----1.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4116 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6210 0 0 332 6542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_refined_d0.0180.0226309
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_refined_deg1.6361.968523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg7.1445775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_2_deg33.86424.571280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_3_deg19.533151166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_4_deg18.8291532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1040.2951
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0060.0214676
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONf_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it0.3421.53863
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it0.6226265
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it1.32432446
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it2.1974.52258
X-RAY DIFFRACTIONf_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONf_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A772tight positional0.130.05
2C776tight positional0.180.05
3D776tight positional0.160.05
1A764medium positional0.320.5
2C766medium positional0.310.5
3D766medium positional0.330.5
1A772tight thermal0.490.5
2C776tight thermal0.280.5
3D776tight thermal0.80.5
1A764medium thermal0.642
2C766medium thermal0.412
3D766medium thermal0.932
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 112 -
Rwork0.286 2103 -
obs--91.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
125.9291-2.40889.5365-0.5528-1.36854.1592-1.4901-0.04261.9145-0.06380.0681-0.32990.27080.10771.4220.41080.02370.26360.6026-0.38431.17253.970127.0688-29.478
257.44239.25843.26965.2873.09491.346-0.7827-1.3216-1.03590.17620.7469-0.81030.62880.28790.03580.5884-0.20160.42360.6116-0.43830.8924-11.180424.2622-25.1913
36.46780.02350.06971.6170.30760.8496-0.26360.00270.4683-0.14220.1591-0.2418-0.17050.07690.10450.2269-0.0215-0.01950.3157-0.03350.2894-16.889135.8867-27.9018
43.9301-0.81972.30682.4233-1.58573.0403-0.25440.29910.198-0.00070.11430.36390.0368-0.23540.14010.1668-0.01180.00960.4758-0.00010.326-49.12433.2815-39.494
511.5391-2.21672.75272.9853-1.2885.91630.01531.15030.1603-0.2332-0.0840.33130.0248-0.27530.06870.2186-0.0642-0.02290.41410.05290.3112-50.632132.691-43.8769
612.6114-3.63065.53094.2959-2.99567.2851-0.3170.10730.04740.10940.36620.5717-0.4291-0.3833-0.04930.1968-0.0209-0.00370.3752-0.02440.3608-51.202134.8651-34.5095
7-9.252-7.16232.09211.0753-4.48570.7948-1.0158-0.8186-0.5578-0.38090.95530.3834-0.349-1.24290.06050.8415-0.0718-0.11071.34280.32721.4533-79.285219.6943-30.4054
87.29070.2714-0.79581.7316-0.58282.09020.0546-0.2165-0.3039-0.12640.05310.36210.2164-0.1684-0.10770.228-0.06340.03240.38720.05480.3539-55.926612.9443-26.8998
94.2068-0.1616-1.91410.8446-0.12981.2559-0.27660.1664-0.48170.08740.08380.1010.265-0.08980.19280.1924-0.03820.0090.4161-0.00320.3301-37.650912.4665-34.1646
109.8785-3.3464-2.92736.53430.830610.7760.0980.39550.4945-0.3050.0478-0.3166-0.55790.1674-0.14580.1773-0.0171-0.01260.2992-0.03270.3236-17.245522.7592-42.0681
118.4859-0.8404-3.5322.72271.17995.4716-0.01790.53050.0251-0.15880.0857-0.3215-0.16090.0829-0.06780.1823-0.0261-0.02610.3296-0.00030.2932-16.919316.3968-43.7921
1212.6383-1.747-7.50682.2504-1.955610.5467-0.6351-0.4562-0.3534-0.14230.0825-0.30311.2330.34170.55260.24410.0214-0.03570.3833-0.03340.4036-16.530413.4725-36.4964
137.1983-2.5955-4.87483.03512.193.9127-0.1815-1.42830.5461-0.07240.3242-0.58860.06890.653-0.14280.1736-0.03950.02350.61160.07760.48715.21735.3109-8.5223
147.9515-0.5517-1.45871.54731.00921.23370.00410.42590.1032-0.3603-0.0587-0.2091-0.0934-0.03980.05450.2178-0.03220.03480.38580.1020.3314-5.37624.3698-18.2849
158.66630.8395-0.52252.02980.1341.3768-0.18490.27670.0061-0.5457-0.0133-0.0661-0.10860.10110.19820.2468-0.03040.03870.44770.04150.2525-5.91934.3066-16.9748
1611.41140.23321.12510.3886-0.23480.72980.08770.4467-0.6592-0.25770.00560.08090.0860.0638-0.09320.2541-0.02990.00330.36610.02410.3241-20.09561.372-13.5126
175.00163.20040.39394.56930.54110.6181-0.159-0.0615-0.26490.00390.1021-0.06710.2143-0.14030.05690.18490.01060.02040.4638-0.03090.312-38.8852-7.5277-6.9887
188.08865.02271.93236.23961.50611.3654-0.0759-0.24320.2084-0.1879-0.10580.5402-0.0779-0.29910.18170.1833-0.00570.00470.4391-0.03640.2471-44.3074-6.8158-8.1465
1916.85662.1054-4.90893.9775-2.21556.4421-0.07681.17670.473-0.08840.25460.73190.2815-1.1298-0.17780.25320.0145-0.02360.6853-0.110.4929-55.47675.98555.1666
205.3-0.5393-1.15222.1134-0.08272.2381-0.0134-0.15660.15330.1838-0.0225-0.0233-0.0525-0.15660.03590.1960.0222-0.0040.3911-0.0750.3318-40.74487.436113.3253
217.49070.1503-0.26450.68850.03190.9885-0.098-0.4196-0.19940.13950.01750.00740.0473-0.03690.08050.19610.01510.01420.4055-0.04550.3214-34.13612.698110.0681
225.6317-2.9181.46212.3592-1.25611.5186-0.1569-0.11780.07960.04050.1022-0.12770.14140.19970.05480.1646-0.01650.04280.42580.05060.3662-6.9778-5.83995.1454
236.5891-3.98060.46056.79830.05282.6716-0.06760.5435-0.3508-0.08920.0336-0.06750.26650.20770.03390.14650.01930.04050.45750.0470.2679-5.5236-10.28194.4087
2410.7337-6.87883.07389.5-3.44384.3683-0.25911.18780.70680.733-0.4692-0.8101-0.44610.91040.72830.1265-0.0438-0.00980.55380.0270.2898-4.7628-0.68276.1112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3A17 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4A110 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5A149 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6A177 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8B9 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9B62 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10B134 - 153
11X-RAY DIFFRACTION11B154 - 178
12X-RAY DIFFRACTION12B179 - 197
13X-RAY DIFFRACTION13C4 - 16
14X-RAY DIFFRACTION14C17 - 55
15X-RAY DIFFRACTION15C56 - 85
16X-RAY DIFFRACTION16C86 - 110
17X-RAY DIFFRACTION17C111 - 157
18X-RAY DIFFRACTION18C158 - 197
19X-RAY DIFFRACTION19D4 - 14
20X-RAY DIFFRACTION20D15 - 75
21X-RAY DIFFRACTION21D76 - 109
22X-RAY DIFFRACTION22D110 - 148
23X-RAY DIFFRACTION23D149 - 176
24X-RAY DIFFRACTION24D177 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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