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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lcy | ||||||
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タイトル | Titin Ig tandem domains A164-A165 | ||||||
![]() | Titin | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Titin / A-band / Ig tandem domains / ATP-binding / Calmodulin-binding / Cardiomyopathy / Disease mutation / Disulfide bond / Immunoglobulin domain / Isopeptide bond / Kelch repeat / Kinase / Limb-girdle muscular dystrophy / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / TPR repeat / WD repeat | ||||||
機能・相同性 | ![]() sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / response to calcium ion / Z disc / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Q. / Groves, M.R. / Wilmanns, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural investigation of the Titin A-band tandem Ig domains A164-A165 著者: Chen, Q. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 197 / Label seq-ID: 4 - 197
NCSアンサンブル:
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詳細 | Monomer in solution as determined by static light scattering |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22248.428 Da / 分子数: 4 / 断片: Titin A-band tandem Ig domains A164-A165 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: sarcomere / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes PH 7.5, 10% iso-propanol 8.5% PEG20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8088 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→43.06 Å / Num. all: 32998 / Num. obs: 32969 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 3.505 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4116 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.59 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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