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万見
- PDB-3lcr: Thioesterase from Tautomycetin Biosynthhetic Pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcr
タイトルThioesterase from Tautomycetin Biosynthhetic Pathway
要素Tautomycetin biosynthetic PKS
キーワードHYDROLASE / ALPHA-BETA HYDROLASE / THIOESTERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / Phosphopantetheine / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol-containing compound biosynthetic process / toxin biosynthetic process / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / polyketide biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / fatty acid synthase activity ...phenol-containing compound biosynthetic process / toxin biosynthetic process / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / polyketide biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Zinc-binding dehydrogenase / : ...Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / Polyketide synthase dimerisation element domain / : / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Tautomycetin biosynthetic PKS
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. CK4412 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Akey, D.L. / Scaglione, J.B. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Biochemical and structural characterization of the tautomycetin thioesterase: analysis of a stereoselective polyketide hydrolase.
著者: Scaglione, J.B. / Akey, D.L. / Sullivan, R. / Kittendorf, J.D. / Rath, C.M. / Kim, E.S. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tautomycetin biosynthetic PKS
B: Tautomycetin biosynthetic PKS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3146
ポリマ－69,0652
非ポリマー2484
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.102, 80.183, 64.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tautomycetin biosynthetic PKS


分子量: 34532.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7326-7620 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CK4412 (バクテリア)
遺伝子: tmcB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A4KCE5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100-400 mM Ammonium Formate, 30% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97937,0.97956,0.96112
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月20日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.979561
30.961121
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 16.36 / 数: 151609 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.6 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20570 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.175099.510.0872.1877.4
4.15.1710010.0811.7187.6
3.584.110010.0961.8147.6
3.263.5810010.121.7067.7
3.023.2610010.1651.6067.7
2.853.0210010.2471.4987.7
2.72.8510010.3461.3977.7
2.592.710010.461.3237.5
2.492.5999.910.5521.3586.9
2.42.4997.610.6171.296
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 36395 / Num. obs: 36028 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.178 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3389 / Rsym value: 0.511 / Χ2: 1.794 / % possible all: 94.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.831 / SU B: 10.695 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / SU Rfree: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1786 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 36395 --
obs0.189 35951 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.92 Å2 / Biso mean: 50.437 Å2 / Biso min: 27.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å20 Å21.39 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4185 0 14 218 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.9725818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9885548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0223.128195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25315663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6631542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8463.52727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45954335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9523.51555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.51551483
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 118 -
Rwork0.288 2297 -
all-2415 -
obs-3389 90.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8528-2.64760.80767.8724-1.24885.3729-0.193-0.1603-0.05590.90960.15150.03340.29460.21850.04150.3835-0.03950.13420.1099-0.03490.068215.28138.02117.599
24.36250.7731-2.61141.4569-0.64413.8393-0.42380.4369-0.3815-0.16390.11960.16820.6399-0.52730.30420.2507-0.14580.10450.1501-0.07710.12-10.91639.42222.863
33.82760.3789-0.23531.1068-0.07713.1775-0.20670.23350.2158-0.04190.07040.18250.0193-0.34450.13630.1124-0.02340.02670.1215-0.00930.1066-12.21951.22124.187
44.0823-0.3587-0.87243.51610.64943.9478-0.3391-0.1255-0.12890.062-0.0032-0.0730.55360.16140.34240.18690.00980.11710.12070.02110.08136.2543.25524.777
54.6999-0.2176-0.97482.2306-0.29254.1272-0.3163-0.51020.19380.2410.04860.06360.16070.09720.26770.18250.01730.0620.1196-0.02470.0612-5.3848.46538.444
66.9061-1.81450.98933.59980.10088.84090.10640.28030.19630.2695-0.23250.4460.0092-0.30290.12610.1566-0.0230.10050.1561-0.08050.130713.5939.9984.728
72.2863-0.7351-1.34933.67161.75464.8897-0.1551-0.1214-0.39430.49890.0997-0.27870.58750.01520.05540.1327-0.0114-0.02540.1092-0.01420.188432.75423.256-2.099
82.689-1.3771-0.23465.18910.60795.1310.0982-0.1220.1670.25880.18-1.0014-0.20390.5691-0.27830.0417-0.0478-0.05870.2151-0.08390.353241.78530.218-2.491
93.379-0.5569-1.15093.03380.3644.14730.16480.13360.12540.0225-0.1214-0.043-0.3452-0.5118-0.04330.14460.04830.02690.1649-0.03720.062423.20438.159-2.436
104.0037-1.0744-0.34224.84720.30523.47450.20330.42540.2355-0.6893-0.0445-0.747-0.5526-0.0021-0.15880.1895-0.01360.14680.1364-0.02530.155835.91836.424-16.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3A106 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4A166 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5A214 - 280
6X-RAY DIFFRACTION6B3 - 32
7X-RAY DIFFRACTION7B33 - 105
8X-RAY DIFFRACTION8B106 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9B166 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10B214 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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