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- PDB-3lcn: Nab2:Gfd1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcn
タイトルNab2:Gfd1 complex
要素
  • Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
  • mRNA transport factor GFD1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nuclear mRNA export / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc-finger / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Phosphoprotein / Protein transport / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / regulation of mRNA stability ...: / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 7S RNA binding / poly(A) binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / regulation of mRNA stability / 5S rRNA binding / nuclear membrane / tRNA binding / mRNA binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2, N-terminal domain / Nuclear abundant poly(A) RNA-binding protein Nab2, N-terminal / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein, CCCH zinc finger 1 / Nab2/ZC3H14, N-terminal domain superfamily / : / : / Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2 (Nab2) / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein CCCH zinc finger 1 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Nab2-type CCCH zinc finger 4 ...Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2, N-terminal domain / Nuclear abundant poly(A) RNA-binding protein Nab2, N-terminal / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein, CCCH zinc finger 1 / Nab2/ZC3H14, N-terminal domain superfamily / : / : / Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2 (Nab2) / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein CCCH zinc finger 1 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Nab2-type CCCH zinc finger 4 / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein Nab2/ZC3H14 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 / mRNA transport factor GFD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stewart, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the function of the Saccharomyces cerevisiae Gfd1 protein in mRNA nuclear export.
著者: Zheng, C. / Fasken, M.B. / Marshall, N.J. / Brockmann, C. / Rubinson, M.E. / Wente, S.R. / Corbett, A.H. / Stewart, M.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
B: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
C: mRNA transport factor GFD1
D: mRNA transport factor GFD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2067
ポリマ－30,0104
非ポリマー1963
水1,60389
1
A: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
C: mRNA transport factor GFD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1364
ポリマ－15,0052
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
D: mRNA transport factor GFD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0703
ポリマ－15,0052
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
3
A: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
B: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
C: mRNA transport factor GFD1
D: mRNA transport factor GFD1
ヘテロ分子

A: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
B: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
C: mRNA transport factor GFD1
D: mRNA transport factor GFD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,41314
ポリマ－60,0208
非ポリマー3926
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8900 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.833, 121.762, 37.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-77-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2


分子量: 11461.874 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NAB2, YGL122C / プラスミド: pET20a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P32505
#2: タンパク質・ペプチド mRNA transport factor GFD1 / Good for full DBP5 activity protein 1


分子量: 3543.208 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 123-151 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GFD1, YM9920.09, YMR255W / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q04839
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 150 mM Zn acetate, 12% PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日 / 詳細: Si (111)
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 17741 / Num. obs: 17741 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V75

2v75


解像度: 2→19.073 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: see publication for full details
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 855 4.83 %
Rwork0.1871 --
obs0.1891 17704 98.86 %
all-17704 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.552 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0915 Å2-0 Å20 Å2
2---3.0518 Å20 Å2
3---3.1434 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 3 89 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8032553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.072713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.12520.23291340.20322760X-RAY DIFFRACTION99
2.1252-2.2890.23971270.18542782X-RAY DIFFRACTION99
2.289-2.51890.2071600.17822775X-RAY DIFFRACTION99
2.5189-2.88230.21411340.17422824X-RAY DIFFRACTION100
2.8823-3.62730.2231530.18132846X-RAY DIFFRACTION100
3.6273-19.07370.23281470.19212862X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.66791.2367-1.9613.9074-4.46045.45660.55970.52631.38080.8630.00640.6052-0.3242-0.6875-0.6480.39710.03990.0580.29260.00810.381828.843730.47397.4776
25.8993.28045.87515.07553.21235.88440.19641.375-0.3305-0.64530.50130.27090.73460.9074-0.67080.4827-0.0088-0.09750.4744-0.11090.305922.486117.8234-1.2377
36.0798-1.52160.20215.62574.69144.27351.0781.3498-1.2123-0.7226-0.10550.1424-0.3858-2.0612-0.49140.4387-0.0616-0.24130.8861-0.01880.478216.004922.49352.3263
43.4129-0.1167-2.72812.91762.89924.968-0.13910.2047-0.1396-0.5625-0.2639-0.3723-0.3549-0.23230.28780.30550.0485-0.0160.35590.0270.292818.71625.24279.5928
54.1492-0.19321.34460.11370.16231.20770.0466-0.0944-0.24450.31110.00440.00620.17980.0257-0.05660.28170.03830.02440.28520.01640.279626.272819.80316.1914
66.16575.304-6.7268.5942-4.32768.18940.38810.90671.19410.50740.57492.7219-0.2676-1.3408-0.81960.30110.04980.10750.42550.11810.691817.812614.465311.9141
73.8578-1.34641.69743.90342.73814.04530.19070.4122-0.6080.38830.15960.20290.67740.2015-0.32620.3531-0.0238-0.05620.2766-0.03160.354827.541313.98637.5314
82.00541.2351-1.44047.2958-3.72773.2684-0.0131-1.311-0.01620.86690.1539-0.6045-0.62970.6868-0.26960.3548-0.09540.0160.4134-0.01940.328139.164928.12699.5365
98.15214.51313.44928.88512.52851.5291-0.77961.86250.3582-1.82390.6357-0.0025-0.76061.20770.02360.4947-0.09120.08030.43390.06160.230936.008527.8579-1.0431
101.59420.33351.85041.3721-0.1592.43450.0779-0.1469-0.3450.7425-0.7982-0.1831-0.4183-0.76310.560.4995-0.12310.03030.6104-0.09930.339333.277619.1527-8.0806
113.49030.4266-0.88422.734-0.35841.21570.90251.14250.6758-0.3234-0.2448-1.08380.00070.1566-0.43310.4065-0.02430.21560.7221-0.17191.198754.078514.757117.2865
125.97515.86050.27738.0807-0.41110.33110.35570.0127-0.68780.961-0.0483-0.4724-0.0361-0.1786-0.2290.38740.0167-0.03870.3666-0.01070.361644.84778.549925.548
132.0017.7936-7.02329.3909-4.8194.95260.7735-0.2058-1.52321.207-1.1421-2.07651.8372-0.02510.84570.993-0.32640.00740.72040.29650.924638.208-2.553428.527
143.6967-3.23895.31775.3819-4.23528.8760.0884-0.0101-0.90920.435-0.2662-0.02420.24581.132-0.09440.38870.058-0.00080.4423-0.04470.548747.28430.703520.7874
150.7567-0.16770.30765.6125-0.48990.50650.07970.29610.0735-0.05010.12340.71290.0693-0.1635-0.04870.3430.03230.00570.3117-0.03540.373240.47417.803411.6262
165.60621.06950.62890.9588-1.70414.5404-0.27950.1309-1.4194-1.19810.5532-0.79271.00680.1843-0.22520.51570.0256-0.00810.2354-0.08230.433536.4981-1.235915.6444
175.29964.5723-0.45753.7625-0.43830.98520.09060.4028-0.11170.49120.24840.15520.014-0.1477-0.27940.3289-0.03170.01330.2536-0.03910.429336.180810.00919.8771
182.9742-0.85441.28110.4133-0.85932.8426-0.0146-0.09010.63570.3213-0.58990.1152-0.25310.13260.60470.4322-0.1485-0.05780.4062-0.050.535348.339822.83920.8518
193.86533.27231.14564.4541.55760.58970.2775-0.50880.41711.0763-0.3169-0.29970.44850.1602-0.090.6197-0.0414-0.08210.4212-0.07360.353245.187316.926331.1312
200.96631.57050.77525.54543.85492.8450.5829-0.53980.16211.7493-0.5326-0.11721.9167-1.7725-0.03710.6906-0.23750.1150.7581-0.05410.38836.94414.525336.3241
216.25225.06346.45887.43682.0939.602-0.1985-0.61880.3612-0.1689-0.09191.08310.2769-1.43240.15410.299-0.02790.04560.5040.00110.604510.137121.93312.2856
223.3087-1.5281-0.73476.90686.42668.1717-0.4171-0.5823-0.1405-0.1317-0.0610.8332-0.2264-1.39470.64410.32920.07730.04470.3735-0.05110.316416.747128.252119.1691
237.84080.1776-0.1387.2175-0.03315.4693-1.0038-0.44630.24310.38120.7998-0.6621-0.99960.0523-0.23780.43540.115-0.00120.4966-0.15510.421423.025534.017225.5695
248.81372.3166-1.21532.9272-4.56557.9274-0.0310.0575-1.1484-0.51860.21210.50263.1080.2155-0.39061.19840.2193-0.13520.4823-0.19350.8445.6366-7.832917.0353
257.3269-5.1942-0.44434.32422.10435.5858-0.18780.8351-1.12460.5572-0.03841.37161.0060.38440.3080.54560.09630.06630.4858-0.19440.735447.7027-3.777410.4391
261.17331.77921.34194.81271.03523.5597-0.5979-0.48270.277-0.4436-0.4392-1.3680.00720.42871.02120.36280.15160.05180.59440.01540.67852.67873.85554.7387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:24)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 25:29)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 30:34)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 35:50)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 51:56)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 57:73)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 74:81)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 82:91)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 92:100)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 4:8)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 9:21)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 22:26)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 27:34)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 35:50)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 51:56)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 57:77)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 78:83)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 84:93)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 94:101)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 128:136)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 137:143)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 144:149)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 129:134)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 135:139)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 140:148)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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