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- PDB-3lcd: Inhibitor Bound to A DFG-In structure of the Kinase Domain of CSF-1R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcd
タイトルInhibitor Bound to A DFG-In structure of the Kinase Domain of CSF-1R
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / Kinase CFMS CSF-1R CSF tyrosine-kinase colony stimulating factor 1 receptor / ATP-binding / Disulfide bond / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process ...forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / Other interleukin signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell motility / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / growth factor binding / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / hemopoiesis / regulation of MAPK cascade / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of chemokine production / osteoclast differentiation / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / cell migration / regulation of cell shape / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BDY / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Day, J.E. / Reitz, B.A. / Mathis, K.J. / Meyers, M.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure-based drug design enables conversion of a DFG-in binding CSF-1R kinase inhibitor to a DFG-out binding mode
著者: Meyers, M.J. / Pelc, M. / Kamtekar, S. / Day, J. / Poda, G.I. / Hall, M.K. / Michener, M.L. / Reitz, B.A. / Mathis, K.J. / Pierce, B.S. / Parikh, M.D. / Mischke, D.A. / Long, S.A. / Parlow, J. ...著者: Meyers, M.J. / Pelc, M. / Kamtekar, S. / Day, J. / Poda, G.I. / Hall, M.K. / Michener, M.L. / Reitz, B.A. / Mathis, K.J. / Pierce, B.S. / Parikh, M.D. / Mischke, D.A. / Long, S.A. / Parlow, J.J. / Anderson, D.R. / Thorarensen, A.
履歴
登録2010年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0514
ポリマ－37,3341
非ポリマー7183
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.649, 74.125, 91.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The kinase domain fragment is monomeric

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1-R / Fms proto-oncogene / c-fms


分子量: 37333.754 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domain / 変異: KID domain replaced by linker / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF-1R, CSF1R, FMS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BDY / N~3~-(2,6-dichlorobenzyl)-5-(4-{[(2R)-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)pyrrolidin-1-yl]carbonyl}phenyl)pyrazine-2,3-diamine


分子量: 525.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30Cl2N6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Equal volumes of protein:ligand (10 mg/ml protein, 1 mM ligand, 200 mM NaCl, 50 mM Potassium dihydrogen phosphate pH 7.5, 5% glycerol, 0.25 mM TCEP) and well solution (0.1 M sodium acetate pH ...詳細: Equal volumes of protein:ligand (10 mg/ml protein, 1 mM ligand, 200 mM NaCl, 50 mM Potassium dihydrogen phosphate pH 7.5, 5% glycerol, 0.25 mM TCEP) and well solution (0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.2 M Lithium sulfate, 5 mM DTT, 1.5% glycerol, 10-25% PEG 3350) were mixed and set up., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1.07804 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月18日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 13960 / Num. obs: 13462 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.65 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1062 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 78.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 21.149 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26497 662 4.9 %RANDOM
Rwork0.21592 ---
all0.2183 13462 --
obs0.2183 12800 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2--2.62 Å20 Å2
3----3.46 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3759 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 46 44 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9743200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80433735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8715289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03224.804102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8715379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.934158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.51442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.061.5588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78322305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0783914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7824.5894
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 41 -
Rwork0.281 720 -
obs--75.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46131.20061.04834.00931.50093.8283-0.09110.05170.2421-0.2627-0.03380.3366-0.2122-0.08960.12490.11430.0267-0.02770.20140.01730.1161-17.863615.2414-18.2073
23.27790.49-1.17422.30650.35194.1515-0.0284-0.0076-0.0472-0.0115-0.04140.12520.20260.0840.06980.05450.019-0.02690.0657-0.01350.0268-25.40380.00350.1204
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A560 - 665
2X-RAY DIFFRACTION2A666 - 930

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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