PDB-3lc0: Histidyl-tRNA synthetase from Trypanosoma cruzi (Histidine complex)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lc0

タイトル

Histidyl-tRNA synthetase from Trypanosoma cruzi (Histidine complex)

要素

Histidyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / tRNA-ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / previous isomorphous structure / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Trypanosomal Histidyl-tRNA Synthetase Illuminate Differences between Eukaryotic and Prokaryotic Homologs.
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Gillespie, J.R. / Larson, E.T. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Kim, J. / Zhang, L. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / Van ...

履歴

登録	2010年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年1月19日	ID: 3HRJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lc0.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lc0.ent.gz	75.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/3lc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hriC 3hrkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yro-1 4yrr-1 4yre-1 3hrk-d 4yrm-1 4x48-d 4lz5-d 3hri-1 2xx9-d 4yrk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

A: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.030, 118.840, 65.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidyl-tRNA synthetase 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncleaved 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 26% PEG 3350, 0.1 M Bis/Tris pH 5.5, 1mM TCEP, 10 mM L-Histidine, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97923 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97923 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48 Å / Num. all: 47130 / Num. obs: 47130 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.78 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.0065

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.9	3.75	0.64	25685	6847	1	99.85
1.9-2.01	3.75	0.34	24484	6521	1	99.95
2.01-2.15	3.76	0.2	22966	6108	1	99.99
2.15-2.32	3.77	0.13	21516	5704	1	100
2.32-2.55	3.79	0.08	19878	5241	1	100
2.55-2.85	3.8	0.06	18042	4742	1	100
2.85-3.29	3.82	0.05	15974	4182	1	100
3.29-4.02	3.82	0.03	13550	3550	1	100
4.02-5.69	3.82	0.03	10544	2763	1	99.96
5.69-48	3.68	0.02	5410	1472	1	96.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.9	データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法: previous isomorphous structure / 解像度: 1.8→34.108 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	2374	5.038 %
R_work	0.1926	-	-
obs	-	47123	99.822 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.671 Å²	0 Å²	1.391 Å²
2-	-	-0.948 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3248	0	11	178	3437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.966	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.733	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.724	23.247	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.603	15	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.789	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.611	1.5	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.856	3	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.114	4.5	1207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.356	161	0.328	3295	3465	99.74
1.847-1.897	0.319	172	0.287	3203	3382	99.793
1.897-1.952	0.292	171	0.248	3117	3291	99.909
1.952-2.012	0.224	176	0.216	3037	3216	99.907
2.012-2.077	0.246	129	0.211	2993	3123	99.968
2.077-2.15	0.229	143	0.204	2824	2968	99.966
2.15-2.231	0.214	147	0.197	2748	2896	99.965
2.231-2.322	0.232	125	0.19	2661	2786	100
2.322-2.424	0.213	126	0.198	2550	2676	100
2.424-2.542	0.207	143	0.194	2425	2569	99.961
2.542-2.679	0.215	117	0.203	2309	2426	100
2.679-2.84	0.231	107	0.215	2214	2321	100
2.84-3.035	0.233	113	0.202	2045	2158	100
3.035-3.276	0.216	100	0.193	1918	2018	100
3.276-3.585	0.195	92	0.179	1781	1874	99.947
3.585-4.003	0.173	98	0.178	1582	1680	100
4.003-4.611	0.171	87	0.15	1405	1492	100
4.611-5.622	0.181	77	0.168	1206	1285	99.844
5.622-7.845	0.267	58	0.198	931	989	100
7.845-34.108	0.198	32	0.192	505	592	90.709

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4	0.3347	0.339	0.4914	-0.4025	3.16	-0.0273	-0.0024	-0.0757	-0.0017	-0.0836	-0.1184	0.3591	0.3781	0.1109	0.2025	0.0558	0.0318	0.2234	0.019	0.2883	6.236	2.371	-1.512
2	0.3375	-2.0838	-2.3881	1.9619	3.0303	5.0857	-0.0567	0.1133	-0.4479	0.1678	-0.1461	0.3381	0.4198	-0.0291	0.2028	0.4705	-0.0323	0.0402	0.0798	-0.1097	0.4717	0.745	-15.822	-14.583
3	0.9256	-0.0136	-0.1043	1.513	-0.0578	2.6437	-0.0456	0.0331	-0.1377	0.0621	-0.0086	0.0985	0.4648	-0.026	0.0542	0.2735	-0.012	0.0292	0.1787	-0.0145	0.2765	-1.8	-1.605	-13.229
4	1.1032	-0.428	-0.5117	1.1774	0.1129	2.399	-0.1189	0.2884	-0.2892	-0.3756	-0.1064	0.1113	0.4494	-0.045	0.2253	0.2638	0.0029	0.0517	0.2691	-0.0826	0.2298	7.228	-4.482	-30.24
5	7.6067	-0.0449	-1.3792	18.9347	-4.8515	2.8033	-0.4391	1.526	-0.9803	-1.3064	0.1589	-1.5799	0.2128	-0.1789	0.2802	0.4528	-0.053	0.2825	0.3494	-0.301	0.2098	12.191	-9.315	-37.255
6	1.5084	0.3761	-0.158	1.1241	0.2292	1.7261	-0.0153	0.1045	-0.0443	-0.1057	-0.0034	0.0035	0.1528	0.1953	0.0187	0.2152	0.0093	0.028	0.2457	-0.0055	0.2557	6.869	3.365	-22.43
7	2.6315	0.4517	-0.2207	2.2882	-0.4872	2.8811	0.0155	-0.1844	0.1683	0.1927	-0.0669	-0.175	-0.2496	0.2042	0.0514	0.2181	0.0009	-0.0609	0.1989	-0.0438	0.2693	9.076	22.352	23.927
8	11.3453	-8.0867	9.41	9.0982	2.862	17.3609	-0.6908	0.5614	1.9818	0.4241	0.2534	-0.2198	-0.4102	0.5736	0.4374	0.2373	-0.0191	-0.0422	0.0635	0.0783	0.8287	6.696	34.281	22.453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	47 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	93 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	113 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	197 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	238 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	287 - 379
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	380 - 455
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	468 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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