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- PDB-3l9c: The Crystal Structure of smu.777 from Streptococcus mutans UA159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9c
タイトルThe Crystal Structure of smu.777 from Streptococcus mutans UA159
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / aroD / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Su, X.-D. / Huang, Y.H. / Liu, X.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Crystal Structure of smu.777 from Streptococcus mutans UA159
著者: Su, X.-D. / Huang, Y.H. / Liu, X.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7162
ポリマ－58,7162
非ポリマー00
水2,612145
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3581
ポリマ－29,3581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-dehydroquinate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3581
ポリマ－29,3581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.280, 62.940, 65.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase / smu.777 / 3-dehydroquinase / Type I DHQase


分子量: 29358.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.777 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DUW4, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M Magnesium Chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% PEGMME550, 0.01M Phenol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97156 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97156 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→30 Å / Num. all: 66520 / Num. obs: 66453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 20.77 Å2
反射 シェル解像度: 1.54→1.56 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ocz

2ocz


解像度: 1.6→28.888 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.788 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 3019 5.12 %
Rwork0.2215 55895 -
obs0.223 58914 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.293 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.89 Å2 / Biso mean: 27.333 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.095 Å20 Å2-7.788 Å2
2--5.27 Å20 Å2
3----5.365 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3536 0 0 145 3681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9074897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8751308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6250.33591350.27532573X-RAY DIFFRACTION100
1.625-1.65160.29921510.25372467X-RAY DIFFRACTION100
1.6516-1.68010.2841580.24822548X-RAY DIFFRACTION100
1.6801-1.71070.32911360.25152514X-RAY DIFFRACTION100
1.7107-1.74360.27531370.24642547X-RAY DIFFRACTION100
1.7436-1.77920.29411250.24912530X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.81780.25571300.24432532X-RAY DIFFRACTION100
1.8178-1.86010.30861210.2412552X-RAY DIFFRACTION100
1.8601-1.90660.30641390.24642542X-RAY DIFFRACTION100
1.9066-1.95820.25811240.24272521X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.01580.31651410.24182529X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.08080.2781410.24422511X-RAY DIFFRACTION100
2.0808-2.15520.24181650.23442528X-RAY DIFFRACTION100
2.1552-2.24140.21271300.22472531X-RAY DIFFRACTION100
2.2414-2.34340.25351500.2292525X-RAY DIFFRACTION100
2.3434-2.46690.27261370.23032552X-RAY DIFFRACTION100
2.4669-2.62130.26581480.23512547X-RAY DIFFRACTION100
2.6213-2.82360.27871240.2372558X-RAY DIFFRACTION100
2.8236-3.10740.27041220.24112573X-RAY DIFFRACTION100
3.1074-3.55640.2321470.21862523X-RAY DIFFRACTION100
3.5564-4.4780.2051420.18192583X-RAY DIFFRACTION100
4.478-28.89290.2021160.17882609X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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