ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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ADSC | Quantumデータ収集 | PHENIX | | モデル構築 | CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→24.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2331872.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.225 | 1502 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.211 | - | - | - |
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all | 0.212 | 29613 | - | - |
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obs | 0.211 | 29613 | 94.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8315 Å2 / ksol: 0.394736 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -5.59 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -6.18 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 11.77 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.15 Å | 0.15 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.82 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1610 | 0 | 1 | 136 | 1747 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d21.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.71 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.25 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.98 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.27 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.35 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.274 | 108 | 4.6 % |
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Rwork | 0.268 | 2245 | - |
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obs | - | 2245 | 76.2 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | &_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4X-RAY DIFFRACTION | 5 | &_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5 | | | | | | | | | |
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