PDB-3l76: Crystal Structure of Aspartate Kinase from Synechocystis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l76

タイトル

Crystal Structure of Aspartate Kinase from Synechocystis

要素

Aspartokinase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartokinase / Synechocystis / Allostery / ACT domains / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Robin, A. / Cobessi, D. / Curien, G. / Robert-Genthon, M. / Ferrer, J.-L. / Dumas, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A new mode of dimerization of allosteric enzymes with ACT domains revealed by the crystal structure of the aspartate kinase from Cyanobacteria
著者: Robin, A.Y. / Cobessi, D. / Curien, G. / Robert-Genthon, M. / Ferrer, J.-L. / Dumas, R.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l76.cif.gz	449.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l76.ent.gz	374.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6x91-4 7kyb-d 4xaj-1 5olr-d 6kdt-d 7ec4-d 6x91-3 4972 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Aspartokinase

B: Aspartokinase

ヘテロ分子

128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.210, 237.710, 150.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-605- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5
1	6
2	6

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:43 )
2	1	1	chain B and (resseq 2:43 )
1	1	2	chain A and (resseq 77:105 or resseq 113:139 or resseq 144:247 )
2	1	2	chain B and (resseq 77:105 or resseq 114:140 or resseq 143:247 )
1	1	3	chain A and (resseq 255:334 )
2	1	3	chain B and (resseq 255:334 )
1	1	4	chain A and (resseq 348:418 )
2	1	4	chain B and (resseq 348:418 )
1	1	5	chain A and (resseq 432:483 )
2	1	5	chain B and (resseq 432:483 )
1	1	6	chain A and (resseq 491:587 )
2	1	6	chain B and (resseq 491:587 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 63597.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: lysC, slr0657 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P74569, aspartate kinase
#2: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE / トレオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M Ammonium sulafte, 0.15 M Ammonium citrate, 9.5% PEG 3350, 2mM lysine, 2mM threonine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM30A	1	0.97924, 0.97939
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	2	0.934

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2007年6月13日	Mirrors
ADSC QUANTUM 210r	2	CCD		Undulator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double Si [1 1 1]	MAD	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97924	1
2	0.97939	1
3	0.934	1

反射

解像度: 2.54→41.4 Å / Num. obs: 51063 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.33 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 24.9

反射シェル

解像度: 2.54→2.64 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 5258 / R_sym value: 0.533 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Nemo/Xnemo		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.54→41.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.802 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	2553	5 %
R_work	0.1992	-	-
all	0.2021	-	-
obs	0.2021	51050	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.058 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.2 Å² / B_iso mean: 61.344 Å² / B_iso min: 5.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.813 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.433 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→41.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8473	0	77	174	8724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	12006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.257	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1496
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1576

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	281	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	281	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
2	1	A	1069	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1069	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
3	1	A	585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
4	1	A	484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
5	1	A	365	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	365	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
6	1	A	664	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	664	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5401-2.6308	0.3423	251	0.2586	4758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6308-2.7361	0.3291	251	0.2504	4792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7361-2.8606	0.3479	254	0.2403	4821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8606-3.0114	0.3002	253	0.2254	4818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0114-3.2	0.2726	255	0.2022	4845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.447	0.2685	256	0.2034	4848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.447-3.7937	0.2234	254	0.1868	4828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7937-4.3421	0.2475	257	0.177	4891	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3421-5.4686	0.1973	259	0.1512	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4686-41.4355	0.2162	263	0.1836	4981	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1721	-0.2007	-0.0239	1.8293	1.0497	0.9956	-0.0081	0.055	-0.1632	0.1423	-0.2822	0.2974	0.438	-0.3937	0.1932	0.3279	-0.1721	0.0015	0.1893	-0.1808	0.4566	25.2339	73.1274	47.6568
2	0.8028	0.3029	0.3618	1.9927	1.3614	1.4454	-0.0638	-0.0547	0.1323	-0.1902	-0.1969	0.2009	-0.2109	-0.212	0.1429	0.0463	0.0203	-0.056	0.027	-0.0929	0.0869	36.7853	105.0028	60.4624
3	0.5769	1.1807	-0.4399	2.7605	-0.3277	4.5218	0.6863	0.2267	-0.4093	-0.0862	0.5151	0.3067	0.1464	0.0702	-1.055	0.3897	0.2492	-0.2561	0.3869	-0.067	0.4988	2.2384	102.7367	59.0709
4	0.0884	-0.1028	0.1329	1.4636	-0.3773	0.4864	0.0812	-0.0605	0.2796	0.684	-0.3431	0.3911	0.0383	0.046	0.2318	0.8204	-0.2703	0.1432	0.0929	-0.0644	0.3757	38.5887	41.8745	59.6975
5	2.4592	3.0822	0.1306	4.1901	0.1125	0.6871	0.5477	-0.2	0.2161	1.1276	-0.4631	0.6158	0.1304	-0.0601	-0.0437	0.298	-0.058	0.235	0.0343	-0.0299	0.1998	26.764	7.696	52.6251
6	0.2542	-0.4047	1.2208	2.9969	-1.2709	6.3425	-0.2607	-0.2031	-0.2629	-0.31	0.5477	-0.4721	-0.8742	-0.4972	-0.2361	1.3151	-0.1606	0.1904	0.2463	0.048	0.1354	40.6483	16.5584	89.4941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 2:259))	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 260:589))	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ((resseq 590:600))	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 2:259))	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and ((resseq 260:589))	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and ((resseq 590:600))	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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