PDB-3l6u: Crystal structure of abc-type sugar transport system, Periplasmic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l6u

タイトル

Crystal structure of abc-type sugar transport system, Periplasmic component from exiguobacterium sibiricum

要素

ABC-TYPE SUGAR TRANSPORT SYSTEM PERIPLASMIC COMPONENT

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / structural genomics / NYSGRC / target 11006s / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / membrane => GO:0016020 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of abc-type sugar transport system, Periplasmic component from exiguobacterium sibiricum
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l6u.cif.gz	113.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l6u.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l6u_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l6u_full_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示
XML形式データ	3l6u_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	3l6u_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c2f-1 2i5r-d 5z2j-2 3lmm-1 3lib-15 7c2f-2 6ii0-4 6zmu-d 5yk3-1 5z2k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11006s

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC-TYPE SUGAR TRANSPORT SYSTEM PERIPLASMIC COMPONENT

B: ABC-TYPE SUGAR TRANSPORT SYSTEM PERIPLASMIC COMPONENT

ヘテロ分子

66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.932, 57.309, 73.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ABC-TYPE SUGAR TRANSPORT SYSTEM PERIPLASMIC COMPONENT / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator 分子量: 33102.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (バクテリア) 株: DSM 17290 / JCM 13490 / 255-15 / 遺伝子: Exig_0838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1YL86
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 Bis-Tris, 0.1M Lithium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 41731 / Num. obs: 41731 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.063

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→24.85 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1191803.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	2108	5.1 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
all	0.237	41731	-	-
obs	0.235	41731	99.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 49.8799 Å² / k_sol: 0.417296 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.09 Å²	0 Å²	-2.13 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.09 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.3 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.32 Å	0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4272	0	10	86	4368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.71
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.4	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.12	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.58	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.69	2.5

Refine LS restraints NCS

NCS model details: NONE

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / R_factor R_free error: 0.025 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	201	5.1 %
R_work	0.346	3720	-
obs	-	3720	93.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	&_1_PARAMETER_INFILE_4	&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION	5	&_1_PARAMETER_INFILE_5	&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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