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- PDB-3l4i: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HSP70 (CGD2_20) FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HSP70 (CGD2_20) FROM Cryptosporidium PARVUM IN COMPLEX WITH ADP and inorganic phosphate
要素Heat shock 70 (HSP70) protein
キーワードCHAPERONE / atp binding domain / heat shock protein / structural genomics / atp-binding / nucleotide binding / stress response / Structural Genomics Consortium / SGC / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / ATP-dependent protein folding chaperone / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Heat shock 70 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HSP70 (CGD2_20) FROM Cryptosporidium PARVUM IN COMPLEX WITH ADP and inorganic phosphate
著者: Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Lew, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T.
履歴
登録2009年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock 70 (HSP70) protein
B: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6649
ポリマ－88,4602
非ポリマー1,2047
水7,584421
1
A: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8144
ポリマ－44,2301
非ポリマー5843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heat shock 70 (HSP70) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8505
ポリマ－44,2301
非ポリマー6204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.977, 115.324, 182.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heat shock 70 (HSP70) protein


分子量: 44229.855 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 15-396) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd2_20 / プラスミド: PET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5CPP8

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4 mM MgCl2, 2 mM TCEP,20% P3350, 0.2M KCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCL2, 2 mM TCEP, 25% Ethylene Glycol - Cryoprotectant, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 46364 / Num. obs: 46272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.034 / Χ2: 1.609 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2291 / Rsym value: 0.748 / Χ2: 1.636 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kvg

3kvg


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 14.439 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / SU Rfree: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2336 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 46427 --
obs0.209 46233 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.55 Å2 / Biso mean: 11.246 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---1.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.379 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6039 0 73 421 6533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.9718459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.819310321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3015807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01223.986286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.305151067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4381554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6731.53915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1351.51603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24526311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83532311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.944.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.738310465
LS精密化 シェル解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 152 -
Rwork0.267 3147 -
all-3299 -
obs--96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97830.61530.2340.46010.39760.6296-0.04760.0040.0464-0.0620.00050.07970.06390.02480.04710.45310.0162-0.01190.37350.00820.44487.83963.753949.0099
20.8901-0.7314-0.05612.38110.10591.0651-0.0257-0.00250.0502-0.1310.0359-0.0416-0.15240.1393-0.01030.4267-0.0414-0.01360.39080.01240.447621.743119.254850.6896
32.2381-1.7816-1.08674.58061.25411.79060.022-0.2260.04010.06720.075-0.3662-0.16390.4756-0.0970.3274-0.0381-0.0560.4990.0010.467933.016315.627458.1093
44.88130.56020.19830.3150.0950.15990.0007-0.15910.03920.0638-0.0550.0654-0.01990.06210.05430.45620.0082-0.02750.404-0.00390.425311.774710.164557.8545
50.64790.02520.28030.52010.24620.3916-0.0464-0.1205-0.14130.07370.0218-0.00280.12130.08750.02470.45990.04140.00170.40760.03780.436518.4512-2.366856.9226
60.61-0.6298-0.035.3516-0.71811.1841-0.0632-0.0115-0.10770.11940.19540.19290.14520.0777-0.13220.45420.08460.00840.38230.02630.440920.7572-12.076642.8594
72.04551.2862-0.76997.5734-3.55213.1243-0.02740.2230.367-0.4336-0.1322-0.35370.20250.45520.15970.34980.03990.00990.4558-0.05360.565428.45137.100334.2737
80.3139-1.3172-0.25985.89691.8974.1764-0.03610.03620.30490.02120.0089-0.5948-0.2240.45780.02720.4027-0.0145-0.00620.42950.07490.603821.497919.191631.3363
91.0479-0.72150.39512.4974-0.72840.32610.00350.15460.127-0.1557-0.0419-0.1890.17130.14020.03840.42250.03860.05890.39390.0180.445923.7630.817729.2755
101.2075-0.52920.3120.92421.36291.6629-0.05950.0723-0.18580.0738-0.03730.17550.12170.0360.09670.48220.0190.02760.35010.01390.484710.4325-5.839446.3999
111.43880.29650.7641.33790.13520.62770.02820.1733-0.0632-0.1321-0.1076-0.20590.0099-0.01860.07940.4365-0.00370.01190.4130.01110.4005-3.463216.806618.7457
124.2948-0.1641-0.9846.58761.89565.0303-0.10290.51320.2139-0.4316-0.04870.2912-0.2746-0.5840.15160.46140.122-0.17290.47260.03290.3149-19.426928.88789.631
131.4601-0.1580.96230.9207-0.29611.26590.01030.0966-0.0215-0.0541-0.0967-0.0551-0.0725-0.09350.08640.43170.001-0.02520.43730.00020.3796-11.872917.359123.8789
141.6336-0.0940.32260.7011-0.17260.1447-0.09270.0310.19950.1263-0.0689-0.1056-0.2084-0.06740.16160.52440.0003-0.08290.35090.06020.455-3.017832.492824.5507
151.38070.28640.09373.48692.30724.94950.07070.17270.27180.0149-0.1916-0.5503-0.31720.08390.12090.5859-0.0714-0.06930.32160.16370.4657.340140.317716.8833
161.20360.66750.51399.07565.7123.0019-0.32430.69570.0472-1.44340.21910.2571-1.00320.12050.10510.7379-0.17380.05640.7095-0.00440.2409-1.726315.0522-6.681
1713.018.2273.94039.16766.34276.2014-0.1430.0536-0.5761-0.34950.3891-1.08760.3823-0.3974-0.24620.6189-0.22660.28110.7355-0.24080.36973.817612.12191.8448
18-0.47911.41262.24275.38784.84429.1139-0.33331.07020.0958-1.08270.6007-0.1677-0.26951.4334-0.26750.5007-0.2980.26251.12680.03790.28997.579819.6114-3.6002
191.87061.91840.00877.3228-0.64193.9791-0.31010.2296-0.151-0.31350.2173-0.7254-0.35840.37790.09270.4657-0.14020.09280.42870.13220.45413.978535.01229.714
203.3386-0.4709-4.41742.240.40934.18310.1173-0.06720.25220.1384-0.0008-0.4758-0.28520.122-0.11650.5176-0.0631-0.12590.36450.09470.57276.260829.843330.7131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4A130 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5A155 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6A202 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7A229 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8A271 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9A292 - 374
10X-RAY DIFFRACTION10A375 - 399
11X-RAY DIFFRACTION11B19 - 89
12X-RAY DIFFRACTION12B90 - 115
13X-RAY DIFFRACTION13B116 - 156
14X-RAY DIFFRACTION14B157 - 201
15X-RAY DIFFRACTION15B202 - 242
16X-RAY DIFFRACTION16B243 - 275
17X-RAY DIFFRACTION17B276 - 291
18X-RAY DIFFRACTION18B292 - 337
19X-RAY DIFFRACTION19B338 - 384
20X-RAY DIFFRACTION20B385 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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