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- PDB-3l45: A Joint Neutron and X-ray structure of Oxidized Amicyanin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l45
タイトルA Joint Neutron and X-ray structure of Oxidized Amicyanin
要素Amicyanin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Type-I Blue Copper Protein / Beta Sandwich / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins ...Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DEUTERATED WATER / Amicyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法中性子回折 / X線回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sukumar, N. / Mathews, F.S. / Langan, P. / Davidson, V.L.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: A joint x-ray and neutron study on amicyanin reveals the role of protein dynamics in electron transfer.
著者: Sukumar, N. / Mathews, F.S. / Langan, P. / Davidson, V.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: A preliminary time-of-flight neutron diffraction study on amicyanin from Paracoccus denitrificans
著者: Sukumar, N. / Langan, P. / Mathews, F.S. / Jones, L.H. / Thiyagarajan, P. / Schoenborn, B.P. / Davidson, V.L.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amicyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5692
ポリマ－11,5051
非ポリマー641
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.540, 56.580, 28.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Amicyanin


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-131 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: ami, mauC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22364
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化温度: 291 K
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 100mM citric acid pH5 and 3M sodium monobasic/potassium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.98
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS21.1-5
検出器
タイプID検出器詳細
ADSC QUANTUM 3151CCDMIRRORS
IMAGE PLATE2TOF AREA DETECTOR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.11
351
反射解像度: 1.8→28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1635

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
nCNS1.0.0精密化
HKL-2000データ削減
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
LAUENORMデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: PDB ENTRY 1AAC

1aac

/ 立体化学のターゲット値: JOINT X-RAY/NEUTRON ML

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection obs% reflection Rfree (%)R Free selection detailsDiffraction-IDIsotropic thermal model交差検証法溶媒モデル% reflection obs (%)
1.8-28NEUTRON DIFFRACTION0.2340.2090.20960784.8RANDOM2ISOTROPICTHROUGHTOUTCNS BULK SOLVENT MODEL USED
1.5-50X-RAY DIFFRACTION0.2150.19811364195.4
Refine analyzeLuzzati d res high obs: 1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数807 0 1 91 899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.021
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg2
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.6
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.65
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % reflection obs: 96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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