PDB-3l32: Structure of the dimerisation domain of the rabies virus phosphop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l32

タイトル

Structure of the dimerisation domain of the rabies virus phosphoprotein

要素

Phosphoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / antiparallel alpha-helices / dimerisation domain / rabies virus / phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / virion component / host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rabies virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ivanov, I. / Crepin, T. / Jamin, M. / Ruigrok, R.W.H.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the dimerisation domain of the rabies virus phosphoprotein
著者: Ivanov, I. / Crepin, T. / Jamin, M. / Ruigrok, R.W.H.

履歴

登録	2009年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l32.cif.gz	30.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l32.ent.gz	21.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l32_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l32_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	3l32_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	3l32_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/3l32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bkl-1 1plc-d 6us9-3 6tgn-d 4o32-1 2o71-d 1ufi-1 4alp-2 6us9-4 3mus-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

10.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.290, 43.290, 192.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質・ペプチド	Phosphoprotein / Protein P / Protein M1 分子量: 5343.142 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 90-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies virus (ウイルス) / 株: China/MRV / 遺伝子: P / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q0GBY3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: (NH4)2SO4, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.976
シンクロトロン	ESRF	BM14	2	1.771

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2009年7月28日
MAR scanner 345 mm plate	2	IMAGE PLATE	2009年9月25日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.976	1
2	1.771	1

反射

解像度: 1.5→25.81 Å / Num. obs: 15278 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.047

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→25.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.307 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22811	759	5 %	RANDOM
R_work	0.19647	-	-	-
obs	0.19796	14377	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.388 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	760	0	0	51	811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.022	777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.493	1.929	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.974	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.955	24	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.584	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.722	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.173	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.755	1.5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.205	2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.451	3	323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.613	4.5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	50	-
R_work	0.245	1059	-
obs	-	-	99.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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