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万見
- PDB-3l2z: Crystal structure of hydrated Biotin Protein Ligase from M. tuber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l2z
タイトルCrystal structure of hydrated Biotin Protein Ligase from M. tuberculosis
要素BirA bifunctional protein
キーワードLIGASE / BirA / hydrated structure / disordered ligand binding loops
機能・相同性
機能・相同性情報


: / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / small molecule binding / post-translational protein modification / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. ...Biotin protein ligase, C-terminal / Biotin protein ligase C terminal domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gupta, V. / Gupta, R.K. / Khare, G. / Salunke, D.M. / Tyagi, A.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural ordering of disordered ligand-binding loops of biotin protein ligase into active conformations as a consequence of dehydration.
著者: Gupta, V. / Gupta, R.K. / Khare, G. / Salunke, D.M. / Surolia, A. / Tyagi, A.K.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BirA bifunctional protein
B: BirA bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3062
ポリマ－56,3062
非ポリマー00
水46826
1
A: BirA bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1531
ポリマ－28,1531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BirA bifunctional protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1531
ポリマ－28,1531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.693, 62.772, 105.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BirA bifunctional protein / Biotin Protein Ligase


分子量: 28153.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: birA, MT3379, Rv3279c / プラスミド: pASK-IBA43plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3)
参照: UniProt: P96884, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 12-16% PEG4000, PEG8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8088 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月21日 / 詳細: bending magnet
放射モノクロメーター: Si 111, horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 15831 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CGH

2cgh


解像度: 2.8→14.126 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1337 10 %Random
Rwork0.1738 ---
all0.182 15831 --
obs0.1798 13373 99.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.366 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4886 Å20 Å20 Å2
2---6.5285 Å20 Å2
3---4.0399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3535 0 0 26 3561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0364896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3161286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.89940.33571320.2451188100
2.8994-3.01440.30911320.21991184100
3.0144-3.15010.25561310.20681192100
3.1501-3.31420.29311350.18871199100
3.3142-3.51880.26231310.18111178100
3.5188-3.78560.2451340.17151210100
3.7856-4.15780.2381330.1534120099
4.1578-4.73940.17581340.1363120899
4.7394-5.89790.171370.1669123199
5.8979-14.12640.19921380.1547124697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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