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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kzi | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Monomeric Form of Cyanobacterial Photosystem II | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ELECTRON TRANSPORT PHOTOSYSTEM / PS II (光化学系II) / PS2 / MEMBRANE COMPLEX (生体膜) / TRANSMEMBRANE ALPHA-HELIX (膜貫通型ドメイン) / IRON (鉄) / METAL-BINDING / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PHOTOSYSTEM II (光化学系II) / THYLAKOID (チラコイド) / HEME (ヘム) / REACTION CENTER / MANGANESE (マンガン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A. / Guskov, A. / Broser, M. / Kern, J. / Zouni, A. / Saenger, W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Crystal Structure of Monomeric Photosystem II from Thermosynechococcus elongatus at 3.6-A Resolution 著者: Broser, M. / Gabdulkhakov, A. / Kern, J. / Guskov, A. / Muh, F. / Saenger, W. / Zouni, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kzi.cif.gz | 636.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kzi.ent.gz | 521.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kzi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3bz1 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AV
#1: タンパク質 | 分子量: 38265.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386 |
-Photosystem II ... , 15種, 15分子 BCDHIJKLMOTUyXZ
#2: タンパク質 | 分子量: 56656.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 50287.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39388.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25 |
#7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4410.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6 |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9 |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8 |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7 |
#13: タンパク質 | 分子量: 26851.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431 |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0 |
#15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5 |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5039.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1 |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6 |
#19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2 |
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 9449.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9 |
-糖 , 2種, 15分子
#28: 糖 | ChemComp-DGD / #29: 糖 | ChemComp-LMT / |
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-非ポリマー , 13種, 72分子
#20: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||||||||||||||||||
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#21: 化合物 | ChemComp-CLA / #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-MES / | #24: 化合物 | ChemComp-OEC / | #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | #27: 化合物 | ChemComp-LMG / #30: 化合物 | ChemComp-SQD / #31: 化合物 | ChemComp-BCT / | #32: 化合物 | ChemComp-PL9 / | #33: 化合物 | #34: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: PEG 400, PIPES, MES, CaCl2, pH 7, batch, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→30 Å / Num. all: 53178 / Num. obs: 47417 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.35 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 4.24 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 2829 / Rsym value: 0.638 / % possible all: 68.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3BZ1 3bz1 解像度: 3.6→29.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 11330360.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 102.888 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 162.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→29.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.6→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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