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- PDB-3kyg: Crystal structure of VCA0042 (L135R) complexed with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyg
タイトルCrystal structure of VCA0042 (L135R) complexed with c-di-GMP
要素Putative uncharacterized protein VCA0042
キーワードUNKNOWN FUNCTION / c-di-GMP / PilZ domain / PP4397 / VCA0042
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / cyclic-di-GMP binding
類似検索 - 分子機能
Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll ...Flagellar protein YcgR / Type III secretion system flagellar brake protein YcgR, PilZN domain / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Thrombin, subunit H / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Cyclic di-GMP binding protein VCA0042
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ryu, K.S. / Ko, J. / Kim, H. / Choi, B.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of PP4397 Reveals the Molecular Basis for Different c-di-GMP Binding Modes by Pilz Domain Proteins.
著者: Ko, J. / Ryu, K.S. / Kim, H. / Shin, J.S. / Lee, J.O. / Cheong, C. / Choi, B.S.
履歴
登録2009年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein VCA0042
B: Putative uncharacterized protein VCA0042
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,25510
ポリマ－51,3492
非ポリマー2,9068
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.166, 67.233, 128.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein VCA0042


分子量: 25674.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 21-247 / 変異: L135R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_A0042 / プラスミド: pET15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KNC3
#2: 化合物
ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 61951 / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→31.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 95813.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1595 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 32105 98.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5376 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3---0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3606 0 184 274 4064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.232.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 260 5.1 %
Rwork0.222 4861 -
obs--95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ks_5gp.paramks_5gp.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5dna-rna.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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