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- PDB-3kx9: Engineering a closed form of the Archaeoglobus fulgidus ferritin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kx9
タイトルEngineering a closed form of the Archaeoglobus fulgidus ferritin by site directed mutagenesis
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FOUR-HELIX BUNDLE / FEROXIDASE CENTER / TETRACOSAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Johnson, E. / Cascio, D. / Sawaya, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The role of nonconserved residues of Archaeoglobus fulgidus ferritin on its unique structure and biophysical properties.
著者: Sana, B. / Johnson, E. / Le Magueres, P. / Criswell, A. / Cascio, D. / Lim, S.
履歴
登録2009年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
I: Ferritin
J: Ferritin
K: Ferritin
L: Ferritin
M: Ferritin
N: Ferritin
O: Ferritin
P: Ferritin
Q: Ferritin
R: Ferritin
S: Ferritin
T: Ferritin
U: Ferritin
V: Ferritin
W: Ferritin
X: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,86348
ポリマ－484,65324
非ポリマー2,21024
水20,1051116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area77000 Å2
ΔGint-446 kcal/mol
Surface area146140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.589, 123.596, 350.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin


分子量: 20193.867 Da / 分子数: 24 / 断片: FERRTITIN SUBUNIT / 変異: K150A, R151A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF0834, AF_0834 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus RIL / 参照: UniProt: O29424
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 41.6mM sodium citrate dihydrate pH 5.6, 1.04 M 1,6-Hexanediol, 31.25% glycerol, 166.7 mM Na-L-tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.101→49.954 Å / Num. all: 311082 / Num. obs: 286181 / % possible obs: 92.02 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 31.03274 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 25.01
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S3Q

1s3q


解像度: 2.101→49.954 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 14485 5.06 %RANDOM
Rwork0.1833 ---
obs0.1855 286045 92.02 %-
all-310946 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.389 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→49.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32263 0 144 1116 33523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95245202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.67812194
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045815
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1008-2.12470.26984700.19598935893591
2.1247-2.14960.2754590.19618812881292
2.1496-2.17590.25794770.19178959895991
2.1759-2.20340.27424910.19348837883791
2.2034-2.23240.26614900.19158859885991
2.2324-2.2630.26444570.18978891889191
2.263-2.29530.25244680.18318822882290
2.2953-2.32960.24954770.1838860886090
2.3296-2.3660.26464800.19178754875490
2.366-2.40480.26054630.18948747874790
2.4048-2.44620.25554320.1928748874889
2.4462-2.49070.27035100.19848696869689
2.4907-2.53860.26074630.19528646864689
2.5386-2.59040.25294410.19388609860988
2.5904-2.64670.24814810.17678615861588
2.6467-2.70830.23194570.18458551855187
2.7083-2.7760.25364480.17968601860187
2.776-2.85110.23484530.18438551855187
2.8511-2.9350.2294340.17898672867288
2.935-3.02970.2234750.18578625862588
3.0297-3.1380.22314400.18958840884090
3.138-3.26360.23624880.18579131913193
3.2636-3.41210.23254740.18439485948596
3.4121-3.59190.22765420.18399578957897
3.5919-3.81690.2075500.17449704970499
3.8169-4.11150.20595200.166499379937100
4.1115-4.5250.1924870.160399409940100
4.525-5.17920.18275030.16631002210022100
5.1792-6.52290.22385820.20221006210062100
6.5229-49.96830.18935730.1763102071020798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.3687 Å / Origin y: 61.2232 Å / Origin z: 43.7987 Å
111213212223313233
T0.1513 Å20.001 Å2-0.0043 Å2-0.1508 Å2-0.0021 Å2--0.151 Å2
L0.0169 °2-0.0022 °20.0106 °2-0.0176 °2-0.005 °2--0.0189 °2
S0.0003 Å °-0.0084 Å °-0.0019 Å °-0.0105 Å °-0.0003 Å °-0.0051 Å °0.003 Å °0.0009 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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