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- PDB-3kv2: HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF HUMAN ARGINASE I IN COMPLEX WITH THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kv2
タイトルHIGH RESOLUTION STRUCTURE OF HUMAN ARGINASE I IN COMPLEX WITH THE STRONG INHIBITOR N(omega)-hydroxy-nor-L-arginine (nor-NOHA)
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE / STRONG INHIBITOR / nor-NOHA / ARGINASE / HIGH RESOLUTION / Alternative splicing / Arginine metabolism / Cytoplasm / Disease mutation / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Urea cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / defense response to protozoan / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / defense response to protozoan / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of activated T cell proliferation / L-arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2010
タイトル: Inhibition of human arginase I by substrate and product analogues.
著者: Di Costanzo, L. / Ilies, M. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2009年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1328
ポリマ－69,5602
非ポリマー5726
水5,441302
1
A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子

A: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,19812
ポリマ－104,3403
非ポリマー8589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32480 Å2
手法PISA
2
B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子

B: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,19812
ポリマ－104,3403
非ポリマー8589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.497, 90.497, 69.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Arginase-1 / Type I arginase / Liver-type arginase


分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NNH / NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 176.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Hanging drops containing 3 L protein solution [3.5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM nor-NOHA, 100 M MnCl2] and 3 L precipitant solution [0.1 M bis-Tris (pH 6.5), 28% PEG monomethyl ...詳細: Hanging drops containing 3 L protein solution [3.5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM nor-NOHA, 100 M MnCl2] and 3 L precipitant solution [0.1 M bis-Tris (pH 6.5), 28% PEG monomethyl ether 2000] were equilibrated over a 1 mL reservoir of precipitant solution at 2 C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 90987 / Num. obs: 90987 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: 2ZAV monomer A

2zav


解像度: 1.55→50 Å
詳細: Data in the structure factor file is twinned. The operator is -h,-k,l, and the fraction is 0.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1782 4185 -
Rwork0.1436 --
all0.1436 85281 -
obs0.1436 85281 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 28 302 5092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.61 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.2241 -
Rfree-0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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