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- PDB-3kst: Crystal structure of Endo-1,4-beta-xylanase (NP_811807.1) from BA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kst
タイトルCrystal structure of Endo-1,4-beta-xylanase (NP_811807.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.70 A resolution
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Endo-1 / 4-beta-xylanase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Xylan degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Endo-1,4-beta-xylanase (NP_811807.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8795
ポリマ－68,7372
非ポリマー1423
水9,206511
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4092
ポリマ－34,3691
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4713
ポリマ－34,3691
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.019, 90.337, 60.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 34368.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_2895 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A3Q9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 26-330) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 26-330) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
解説: THE STATISTICS REPORTED IN REMARK 200 WERE COMPUTED WITH XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT SEPARATE.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2000M CaAcetate, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.89841,0.97915,0.97929
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.898411
20.979151
30.979291
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.52
11L, -K, H20.48
反射解像度: 1.7→28.421 Å / Num. obs: 63151 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.066 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.07
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.760.372.2126011046476.6
1.76-1.830.2852.8131761091778.8
1.83-1.910.2323.3126951048678.7
1.91-2.020.1474.7142151178778.5
2.02-2.140.1086.1126931046178.8
2.14-2.310.0997132911103977.7
2.31-2.540.0698.9131381078079.1
2.54-2.90.04712.2131991076178.9
2.9-3.660.03118135131100478.5
3.66-28.4210.02125.4133421076777.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.421 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.662 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION IS MODELED. 4. A CALCIUM ION HAS BEEN MODELED IN EACH MONOMER BASED ON ELECTRON DENSITY SUPPORT AND ITS PRESENCE IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION. 5. TWIN REFINEMENT WAS CARRIED ON WITH THE TWIN OPERATOR "L, -K, H". THE TWIN FRACTION REFINED TO 0.4804.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 3391 5.4 %THIN SHELL
Rwork0.145 ---
obs0.147 63124 89.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.16 Å2 / Biso mean: 13.933 Å2 / Biso min: 3.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6 Å20 Å22 Å2
2--8.56 Å20 Å2
3----5.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4745 0 6 514 5265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.9416746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30138012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9345639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07724.495218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87915783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3891511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.52976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.51216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10224837
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74831944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4934.51879
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 255 -
Rwork0.147 4482 -
all-4737 -
obs--91.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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