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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3krp | ||||||
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タイトル | Mint heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium and GPP | ||||||
![]() | (Geranyl diphosphate synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / prenyltransferase / Isoprene biosynthesis / isoprenyl pyrophosphate synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() geranyl diphosphate biosynthetic process / prenyltransferase activity / farnesyltranstransferase activity / dimethylallyltranstransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a heterotetrameric geranyl pyrophosphate synthase from mint (Mentha piperita) reveals intersubunit regulation 著者: Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Ko, T.-P. / Teng, K.-H. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Gel filtration chromatography demonstrate that the biological assembly should be a hetero-tetramer, composed of two hetero-dimers (one is A chain and B chain, the other is C chain and D chain). |
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要素
-Geranyl diphosphate synthase ... , 2種, 4分子 ADBC
#1: タンパク質 | 分子量: 31947.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 84-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 29755.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 49-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 823分子 ![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GPP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GPP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PPV / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-GPP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / Mosaicity: 0.622 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium acetate, 20% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月29日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 56022 / Num. obs: 51803 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5105 / Χ2: 0.934 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2J1O 解像度: 2.42→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 57.065 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.17 Å2 / Biso mean: 54.754 Å2 / Biso min: 18.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.42→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.42→2.53 Å /
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Xplor file |
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