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- PDB-3kpx: Crystal Structure Analysis of photoprotein clytin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpx
タイトルCrystal Structure Analysis of photoprotein clytin
要素Apophotoprotein clytin-3
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / HYDROLASE / photoprotein clytin
機能・相同性
機能・相同性情報


Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Apophotoprotein clytin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Clytia gregaria (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Titushin, M.S. / Li, Y. / Stepanyuk, G.A. / Wang, B.-C. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: NMR derived topology of a GFP-photoprotein energy transfer complex
著者: Titushin, M.S. / Feng, Y. / Stepanyuk, G.A. / Li, Y. / Markova, S.V. / Golz, S. / Wang, B.-C. / Lee, J. / Wang, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apophotoprotein clytin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9523
ポリマ－22,4561
非ポリマー4962
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.392, 68.932, 115.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-254-

HOH

21A-283-

HOH

31A-284-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Apophotoprotein clytin-3 / clytin / Apophotoprotein clytin-5 / Apophotoprotein clytin-6


分子量: 22456.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clytia gregaria (無脊椎動物) / 参照: UniProt: D7PM14, Renilla-type luciferase
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→50 Å / Num. all: 14088 / Num. obs: 14018 / % possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F8P

2f8p


解像度: 1.899→20.306 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.876 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 696 4.97 %
Rwork0.1707 13294 -
obs0.1731 13990 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.84 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 58.16 Å2 / Biso mean: 19.122 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.651 Å20 Å2-0 Å2
2--0.555 Å2-0 Å2
3----1.206 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→20.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 34 128 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1862152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.516587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8989-2.04540.28051340.22352589X-RAY DIFFRACTION98
2.0454-2.25090.22081470.16362604X-RAY DIFFRACTION100
2.2509-2.57610.2121350.15452654X-RAY DIFFRACTION100
2.5761-3.24350.24431550.16392641X-RAY DIFFRACTION100
3.2435-20.30730.18121250.16342806X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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