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- PDB-3koj: Crystal structure of the SSB domain of Q5N255_SYNP6 protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3koj
タイトルCrystal structure of the SSB domain of Q5N255_SYNP6 protein from Synechococcus sp. Northeast Structural Genomics Consortium Target SnR59a.
要素uncharacterized protein ycf41
キーワードDNA BINDING PROTEIN / single-strand binding protein family / PF00436 / SNR59A / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the SSB domain of Q5N255_SYNP6 protein from Synechococcus sp.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein ycf41
B: uncharacterized protein ycf41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6912
ポリマ－24,6912
非ポリマー00
水3,279182
1
A: uncharacterized protein ycf41
B: uncharacterized protein ycf41

A: uncharacterized protein ycf41
B: uncharacterized protein ycf41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3824
ポリマ－49,3824
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area7100 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.843, 113.028, 73.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細dimer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein ycf41


分子量: 12345.535 Da / 分子数: 2 / 断片: SSB domain / 変異: T19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 6301 (バクテリア)
株: ATCC 27144/PCC 6301 /SAUG 1402/1 / 遺伝子: syc1425_d, ycf41 / プラスミド: pET 14-15C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q5N255, UniProt: A0A0H3K9J4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbutch under parafin oil / pH: 7.5
詳細: 4M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5 , Microbutch under parafin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 45223 / Num. obs: 44952 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4508 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.895→36.691 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 2292 5.1 %RANDOM
Rwork0.2011 ---
obs0.202 44926 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.917 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→36.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1388 0 0 182 1570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0431408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5821914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.803514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.895-1.93630.24611560.25512489X-RAY DIFFRACTION94
1.9363-1.98130.26481360.21932683X-RAY DIFFRACTION100
1.9813-2.03080.22061370.21342703X-RAY DIFFRACTION100
2.0308-2.08570.22871310.20842701X-RAY DIFFRACTION100
2.0857-2.14710.24871400.20182687X-RAY DIFFRACTION100
2.1471-2.21640.20381500.19442682X-RAY DIFFRACTION100
2.2164-2.29560.26961320.1882690X-RAY DIFFRACTION100
2.2956-2.38750.18451660.1812642X-RAY DIFFRACTION100
2.3875-2.49610.25091480.19362667X-RAY DIFFRACTION100
2.4961-2.62770.1911410.20442705X-RAY DIFFRACTION100
2.6277-2.79230.22741290.22382675X-RAY DIFFRACTION100
2.7923-3.00780.2151630.2272685X-RAY DIFFRACTION100
3.0078-3.31030.24391300.20692696X-RAY DIFFRACTION100
3.3103-3.78890.19891490.17632662X-RAY DIFFRACTION100
3.7889-4.77190.17871510.16122664X-RAY DIFFRACTION99
4.7719-36.69790.21751330.22192603X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.74050.7109-1.28740.5886-0.0590.9704-0.14330.07630.0788-0.0220.032-0.01980.0456-0.08030.05040.03470.00820.01450.06410.00610.039526.254741.681544.1179
20.9022-0.25740.2860.57480.59332.1371-0.0060.025-0.0067-0.05010.0053-0.0043-0.1167-0.04310.00030.0478-0.0064-0.01150.03390.010.0433
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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