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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3knp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DTD from Plasmodium falciparum | ||||||
![]() | D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DTD / D-amino acid / Deacylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manickam, Y. / Bhatt, T.K. / Sharma, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ligand-bound Structures Provide Atomic Snapshots for the Catalytic Mechanism of D-Amino Acid Deacylase 著者: Bhatt, T.K. / Yogavel, M. / Wydau, S. / Berwal, R. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19233.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 3D7 / 遺伝子: dtd / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 15063 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Num. unique all: 1497 / % possible all: 96.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PfDTD-Iodide SAD model (not deposited) 解像度: 3.3→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / Data cutoff high absF: 1519712 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.666 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.36 Å2 / Biso mean: 69.936 Å2 / Biso min: 0.01 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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