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万見
- PDB-3kms: G62S mutant of foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kms
タイトルG62S mutant of foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase in complex with a template- primer RNA trigonal structure
要素
  • 3D polymerase
  • RNA (5'-R(*AP*UP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*C)-3')
キーワードTransferase/RNA / 3d / polymerase / ribavirin / foot-and mouth disease virus / rna dependent rna polymerase / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity ...modulation by virus of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ferrer-Orta, C. / Verdaguer, N. / Perez-Luque, R.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure of foot-and-mouth disease virus mutant polymerases with reduced sensitivity to ribavirin
著者: Ferrer-Orta, C. / Sierra, M. / Agudo, R. / de la Higuera, I. / Arias, A. / Perez-Luque, R. / Escarmis, C. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3D polymerase
B: RNA (5'-R(*AP*UP*GP*GP*GP*CP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3384
ポリマ－57,3143
非ポリマー241
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.951, 93.951, 99.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 3D polymerase / rna dependent rna polymerase


分子量: 53516.711 Da / 分子数: 1 / 変異: G62S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
株: C-S8c1 / 遺伝子: 3d / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9QCE3, RNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*GP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 2236.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1561.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M HEPES pH 7.0, 4% butyrolactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 26125 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.32 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3753 / Rsym value: 0.642 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 15.527 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26566 1320 5.1 %RANDOM
Rwork0.23613 ---
obs0.23758 24756 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 251 1 68 4051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8582.0285614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5115475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78223.483178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41115624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1341525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.21768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.22796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2221.52432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39123805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43331978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6554.51809
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 84 -
Rwork0.27 1773 -
obs--98.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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