PDB-3kml: Circular Permutant of the Tobacco Mosaic Virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kml

タイトル

Circular Permutant of the Tobacco Mosaic Virus

要素

Coat protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / tobacco mosaic virus coat protein / permutant / TMV / TMVP / cpTMVP / Acetylation / Capsid protein / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tobacco mosaic virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.011 Å

データ登録者

Duderstadt, K.E. / Dedeo, M.T. / Francis, M.B. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: Nano Lett. / 年: 2010
タイトル: Nanoscale protein assemblies from a circular permutant of the tobacco mosaic virus.
著者: Dedeo, M.T. / Duderstadt, K.E. / Berger, J.M. / Francis, M.B.

履歴

登録	2009年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kml.cif.gz	453.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kml.ent.gz	378.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kml_validation.pdf.gz	573.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kml_full_validation.pdf.gz	624.7 KB	表示
XML形式データ	3kml_validation.xml.gz	83.2 KB	表示
CIF形式データ	3kml_validation.cif.gz	96.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/3kml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/3kml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ei7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x0r-1 6x0q-1 6z0v-d 6wdo-d 6k7y-d 22215 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#109 - 2009年1月タバコモザイクウイルス (Tobacco Mosaic Virus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

D: Coat protein

E: Coat protein

F: Coat protein

G: Coat protein

H: Coat protein

I: Coat protein

J: Coat protein

K: Coat protein

L: Coat protein

M: Coat protein

N: Coat protein

O: Coat protein

P: Coat protein

Q: Coat protein

301 kDa, 17 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

D: Coat protein

E: Coat protein

F: Coat protein

G: Coat protein

H: Coat protein

I: Coat protein

J: Coat protein

K: Coat protein

L: Coat protein

M: Coat protein

N: Coat protein

O: Coat protein

P: Coat protein

Q: Coat protein

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

D: Coat protein

E: Coat protein

F: Coat protein

G: Coat protein

H: Coat protein

I: Coat protein

J: Coat protein

K: Coat protein

L: Coat protein

M: Coat protein

N: Coat protein

O: Coat protein

P: Coat protein

Q: Coat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
603 kDa, 34 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.835, 177.175, 102.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 13 - 153 / Label seq-ID: 13 - 153

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A and (resseq 13:153 )	A	A
2	chain B and (resseq 13:153 )	B	B
3	chain C and (resseq 13:153 )	C	C
4	chain D and (resseq 13:153 )	D	D
5	chain E and (resseq 13:153 )	E	E
6	chain F and (resseq 13:153 )	F	F
7	chain G and (resseq 13:153 )	G	G
8	chain H and (resseq 13:153 )	H	H
9	chain I and (resseq 13:153 )	I	I
10	chain J and (resseq 13:153 )	J	J
11	chain K and (resseq 13:153 )	K	K
12	chain L and (resseq 13:153 )	L	L
13	chain M and (resseq 13:153 )	M	M
14	chain N and (resseq 13:153 )	N	N
15	chain O and (resseq 13:153 )	O	O
16	chain P and (resseq 13:153 )	P	P
17	chain Q and (resseq 13:153 )	Q	Q

#1: タンパク質	Coat protein 分子量: 17720.654 Da / 分子数: 17 / 変異: S25C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 株: U1 / 遺伝子: CP / プラスミド: pET-20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner DE3pLysS cells / 参照: UniProt: P69687

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 300 mM ammonium sulfate, 100 mM Nitric Acid, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月14日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 73255 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 29.65 Å² / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.447 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	(phenix.automr)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

開始モデル: One ring of 17 monomers generated using PDB ID 1EI7.

1ei7

解像度: 3.011→49.261 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.806 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Used 17-fold non-crystallographic symmetry as a constraint during refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	1629	2.7 %
R_work	0.239	58611	-
obs	0.24	60240	78.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 0.001 Å² / k_sol: 0.298 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 178.95 Å² / B_iso mean: 42.997 Å² / B_iso min: 8.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.824 Å²	0 Å²	-23.358 Å²
2-	-	-24.197 Å²	-0 Å²
3-	-	-	19.324 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.011→49.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18700	0	0	0	18700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	19108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	26078
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.486	6732
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	3400

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	3	C	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	4	D	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	5	E	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	6	F	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	7	G	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	8	H	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	9	I	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	10	J	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	11	K	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	12	L	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	13	M	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	14	N	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	15	O	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
1	16	P	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	17	Q	1100	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0111-3.0996	0.399	91	0.3563	3527	X-RAY DIFFRACTION	57
3.0996-3.1997	0.3441	104	0.3115	4139	X-RAY DIFFRACTION	66
3.1997-3.314	0.3157	118	0.2966	4290	X-RAY DIFFRACTION	69
3.314-3.4467	0.3086	142	0.2776	4652	X-RAY DIFFRACTION	75
3.4467-3.6035	0.2587	142	0.2668	4924	X-RAY DIFFRACTION	79
3.6035-3.7934	0.2741	148	0.2652	5283	X-RAY DIFFRACTION	85
3.7934-4.031	0.2279	135	0.2058	4890	X-RAY DIFFRACTION	78
4.031-4.342	0.2092	134	0.1979	4813	X-RAY DIFFRACTION	77
4.342-4.7787	0.2046	131	0.1802	5031	X-RAY DIFFRACTION	81
4.7787-5.4694	0.1689	159	0.1668	5432	X-RAY DIFFRACTION	87
5.4694-6.8878	0.2024	155	0.2187	5553	X-RAY DIFFRACTION	88
6.8878-49.2672	0.2244	170	0.2119	6077	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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