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- PDB-3km8: Crystal structuore of adenosine deaminase from mus musculus compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3km8
タイトルCrystal structuore of adenosine deaminase from mus musculus complexed with 9-deazainosine
要素Adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE / CYCLICAMIDINES / Metal-binding / Nucleotide metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation ...mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / histamine secretion / cytoplasmic vesicle lumen / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / amide catabolic process / adenosine deaminase / hypoxanthine biosynthetic process / germinal center B cell differentiation / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / hypoxanthine salvage / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / adenosine metabolic process / positive regulation of T cell differentiation in thymus / AMP catabolic process / dATP catabolic process / mucus secretion / negative regulation of leukocyte migration / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / response to purine-containing compound / embryonic digestive tract development / allantoin metabolic process / trophectodermal cell differentiation / GMP salvage / IMP salvage / positive regulation of smooth muscle contraction / Peyer's patch development / germinal center formation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / AMP salvage / regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of thymocyte apoptotic process / anchoring junction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / regulation of T cell differentiation / positive regulation of heart rate / leukocyte migration / lung alveolus development / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / thymocyte apoptotic process / B cell proliferation / T cell differentiation / smooth muscle contraction / : / response to vitamin E / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of B cell proliferation / T cell activation / dendrite cytoplasm / liver development / calcium-mediated signaling / lung development / placenta development / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of T cell activation / T cell receptor signaling pathway / T cell differentiation in thymus / in utero embryonic development / lysosome / cell adhesion / response to hypoxia / external side of plasma membrane / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine deaminase / Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAINOSINE / Adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fan, X. / Gao, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Catalytic Mechanism of Adenosine Deaminase from Mouse: An Experimental and Theoretical Study
著者: Wu, X. / Fan, X. / Gao, Y. / Su, X. / Zhang, H. / Wu, Y.
履歴
登録2009年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine deaminase
B: Adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6866
ポリマ－80,0212
非ポリマー6654
水6,413356
1
A: Adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3433
ポリマ－40,0111
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3433
ポリマ－40,0111
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.337, 93.616, 85.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenosine deaminase / Adenosine aminohydrolase


分子量: 40010.543 Da / 分子数: 2 / 変異: E217Q, Y240E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ada / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P03958, adenosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-9DI / 9-DEAZAINOSINE / 7-β-D-リボフラノシル-3,4-ジヒドロ-5H-ピロロ[3,2-d]ピリミジン-4-オン


分子量: 267.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N3O5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 2000 MME, 150mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→84.82 Å / Num. obs: 48057 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.53 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.28 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5295 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ADD

1add


解像度: 2→37.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22308 2433 5.1 %RANDOM
Rwork0.20199 ---
all0.2031 ---
obs0.2031 45618 90.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å20 Å21.12 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5576 0 40 356 5972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.9747778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7575696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.93324.667270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.782151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5211530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1940.2850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0214342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5271.53480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46925634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.24132264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3774.52144
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 163 -
Rwork0.279 3129 -
obs-3129 84.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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