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- PDB-3km2: As-isolated TOMATO CHLOROPLAST SUPEROXIDE DISMUTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3km2
タイトルAs-isolated TOMATO CHLOROPLAST SUPEROXIDE DISMUTASE
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / TOMATO CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT / METAL-BINDING / CHLOROPLAST / DISULFIDE BOND / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / chloroplast / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Biophysical properties of tomato chloroplast sod
著者: Galaleldeen, A. / Taylor, A.B. / Hart, P.J.
履歴
登録2009年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
P: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
R: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
T: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
U: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
V: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
X: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,03548
ポリマ－375,46524
非ポリマー1,57024
水00
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
6
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
7
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
N: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
8
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
P: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
9
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
R: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
10
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
T: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
11
U: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
V: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
12
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
X: Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4204
ポリマ－31,2892
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.033, 144.523, 192.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T
211U
221V
231W
241X

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 1 - 153 / Label seq-ID: 1 - 153

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 1:153 )AA
2chain B and (resseq 1:153 )BB
3chain C and (resseq 1:153 )CC
4chain D and (resseq 1:153 )DD
5chain E and (resseq 1:153 )EE
6chain F and (resseq 1:153 )FF
7chain G and (resseq 1:153 )GG
8chain H and (resseq 1:153 )HH
9chain I and (resseq 1:153 )II
10chain J and (resseq 1:153 )JJ
11chain K and (resseq 1:153 )KK
12chain L and (resseq 1:153 )LL
13chain M and (resseq 1:153 )MM
14chain N and (resseq 1:153 )NN
15chain O and (resseq 1:153 )OO
16chain P and (resseq 1:153 )PP
17chain Q and (resseq 1:153 )QQ
18chain R and (resseq 1:153 )RR
19chain S and (resseq 1:153 )SS
20chain T and (resseq 1:153 )TT
21chain U and (resseq 1:153 )UU
22chain V and (resseq 1:153 )VV
23chain W and (resseq 1:153 )WW
24chain X and (resseq 1:153 )XX

-
要素

#1: タンパク質 ...
Superoxide dismutase [Cu-Zn], chloroplastic


分子量: 15644.372 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: SODCP.2 / プラスミド: PAG8H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14831, superoxide dismutase
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 65% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2823 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2823 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 73425 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7196 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HL5

1hl5


解像度: 3.1→48.978 Å / SU ML: 1.06 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3653 5.06 %random
Rwork0.2201 ---
obs0.2217 72254 97.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.119 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1212 Å20 Å20 Å2
2--3.4717 Å20 Å2
3----12.1542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26136 0 24 0 26160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01326568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31836192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5249240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0744320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054896
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.225
12B1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.225
13C1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.197
14D1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.333
15E1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.164
16F1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.165
17G1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.183
18H1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.201
19I1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.192
110J1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.32
111K1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.166
112L1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.277
113M1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.216
114N1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.187
115O1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.232
116P1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.257
117Q1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.202
118R1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.471
119S1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.189
120T1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.211
121U1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.36
122V1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.161
123W1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.215
124X1089X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.11660.34671230.31172260X-RAY DIFFRACTION85
3.1166-3.15930.35031530.3012634X-RAY DIFFRACTION98
3.1593-3.20440.32991360.28832624X-RAY DIFFRACTION98
3.2044-3.25220.32961330.28842608X-RAY DIFFRACTION98
3.2522-3.3030.27361190.26972647X-RAY DIFFRACTION98
3.303-3.35710.30981330.25652644X-RAY DIFFRACTION98
3.3571-3.4150.31891320.25042647X-RAY DIFFRACTION98
3.415-3.47710.24581260.25192632X-RAY DIFFRACTION99
3.4771-3.5440.27991600.25342648X-RAY DIFFRACTION99
3.544-3.61630.25381330.23382638X-RAY DIFFRACTION99
3.6163-3.69490.26581500.22692626X-RAY DIFFRACTION99
3.6949-3.78080.26151560.21612617X-RAY DIFFRACTION99
3.7808-3.87530.24971520.21032653X-RAY DIFFRACTION99
3.8753-3.98010.25491320.20882683X-RAY DIFFRACTION99
3.9801-4.09710.20631570.19552621X-RAY DIFFRACTION99
4.0971-4.22930.2461550.19062665X-RAY DIFFRACTION99
4.2293-4.38040.22441400.18222647X-RAY DIFFRACTION98
4.3804-4.55560.17971510.17872638X-RAY DIFFRACTION98
4.5556-4.76280.19131480.17792661X-RAY DIFFRACTION98
4.7628-5.01370.22181310.18892653X-RAY DIFFRACTION98
5.0137-5.32740.2241300.19922706X-RAY DIFFRACTION98
5.3274-5.73820.261460.22162636X-RAY DIFFRACTION98
5.7382-6.31460.21331240.19832714X-RAY DIFFRACTION98
6.3146-7.22580.2061540.19422656X-RAY DIFFRACTION97
7.2258-9.09420.2491470.18862676X-RAY DIFFRACTION96
9.0942-48.98430.2261320.20412767X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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