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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3km0 | |||||||||
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タイトル | 17betaHSD1 in complex with 3beta-diol | |||||||||
![]() | Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Lipid synthesis / Steroid biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mazumdar, M. / Lin, S.-X. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of sex-steroid translation 著者: Mazumdar, M. / Chen, J. / Lin, S.-X. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein purified from human placenta / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→18.98 Å / Num. all: 24446 / Num. obs: 25734 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.894 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
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