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- PDB-3kke: Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kke
タイトルCrystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis
要素LacI family Transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / TRANSCRIPTION / DNA-binding / Transcription regulation / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold ...Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transcriptional regulator, LacI family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Do, J. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Mycobacterium smegmatis
著者: Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Do, J. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacI family Transcriptional regulator
B: LacI family Transcriptional regulator
C: LacI family Transcriptional regulator
D: LacI family Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,3809
ポリマ－128,0844
非ポリマー2955
水2,288127
1
A: LacI family Transcriptional regulator
D: LacI family Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2195
ポリマ－64,0422
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
B: LacI family Transcriptional regulator
C: LacI family Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1604
ポリマ－64,0422
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.599, 65.468, 116.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
LacI family Transcriptional regulator


分子量: 32021.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0491 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QPR6
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate pH 4.6, 30% PEG 4000, 200mM ammonium acetate, vapor diffusion, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.367 Å / Num. all: 49476 / Num. obs: 49080 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 7127 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.256 / WRfactor Rwork: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.839 / SU B: 13.583 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / SU Rfree: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS PARAMETERS REFINED FOR N- and C-TERMINAL DOMAINS AND FIXED FOR FINAL REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2456 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 49000 99.17 %-
all-49410 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.77 Å2 / Biso mean: 39.486 Å2 / Biso min: 9.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20 Å20.03 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8104 0 20 127 8251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.97211285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.954312657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21551127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.01724.136295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.945151207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.441556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7161.55605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1751.52316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31228943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38532636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6874.52342
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 192 -
Rwork0.219 3387 -
all-3579 -
obs-3387 98.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2212-1.05740.15221.62520.6491.4389-0.0179-0.0383-0.23630.16320.00610.21730.1535-0.170.01180.1376-0.00450.02860.15160.03660.11485.094-13.46580.958
21.0533-0.1003-0.30771.2735-0.05931.2321-0.0449-0.1105-0.02720.00030.0713-0.0801-0.02290.1645-0.02640.07460.0041-0.00410.156-0.00290.114131.058-9.63578.853
35.04162.9036.99611.67314.005211.1202-0.09470.5067-0.0575-0.05140.286-0.031-0.20710.3757-0.19120.04650.0073-0.00330.24260.00880.241340.764-2.71447.07
40.8782-0.1974-0.16890.8577-0.31810.67390.02010.01890.02020.0007-0.036-0.0357-0.0230.06510.01590.0935-0.0123-0.00270.1365-0.00080.118321.902-11.01149.387
50.82660.14650.03730.692-0.03910.9804-0.033-0.00720.0550.02590.09410.0353-0.0136-0.1641-0.06120.07270.00370.02080.17390.03850.1185-5.375-12.65151.472
62.7119-1.11370.79040.9354-0.08111.102-0.1875-0.54840.0680.04090.15380.06380.0322-0.19460.03370.07310.04080.0430.2471-0.04020.103838.6818.49591.042
72.4155-0.1445-0.34390.6036-0.41671.3096-0.1544-0.499-0.03630.00760.0647-0.0635-0.02060.13890.08960.08020.0682-0.00880.2778-0.00950.053966.23113.5695.429
82.57670.19220.32760.6840.37223.4061-0.04650.45210.04030.02490.27280.08720.22510.3591-0.22630.1256-0.09470.06360.3189-0.08310.111257.50112.748126.776
92.2305-0.748-0.14721.9344-0.23961.1148-0.15130.5585-0.1294-0.18860.1390.14040.2127-0.39010.01220.1704-0.2034-0.02850.4116-0.0290.032330.94313.986122.733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A63 - 159
2X-RAY DIFFRACTION1A297 - 326
3X-RAY DIFFRACTION2A160 - 296
4X-RAY DIFFRACTION2A327 - 340
5X-RAY DIFFRACTION3B51 - 62
6X-RAY DIFFRACTION4B63 - 159
7X-RAY DIFFRACTION4B297 - 326
8X-RAY DIFFRACTION5B160 - 296
9X-RAY DIFFRACTION5B327 - 340
10X-RAY DIFFRACTION6C55 - 159
11X-RAY DIFFRACTION6C297 - 326
12X-RAY DIFFRACTION7C160 - 296
13X-RAY DIFFRACTION7C327 - 339
14X-RAY DIFFRACTION8D63 - 159
15X-RAY DIFFRACTION8D297 - 326
16X-RAY DIFFRACTION9D160 - 296
17X-RAY DIFFRACTION9D327 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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