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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kk0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of partially folded intermediate state of peptidyl-tRNA hydrolase from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Protein synthesis (タンパク質生合成) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, A. / Singh, N. / Yadav, R. / Sharma, S. / Arora, A. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structures of Fully-Folded Native and Partially-Folded Intermediate States of Peptidyl-tRNA Hydrolase from Mycobacterium smegmatis 著者: Kumar, A. / Singh, N. / Yadav, R. / Sharma, S. / Arora, A. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kk0.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kk0.ent.gz | 38.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kk0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kk0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3kjzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 20270.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A0R3D3, peptidyl-tRNA hydrolase |
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-非ポリマー , 5種, 179分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | ChemComp-BME / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THE DEPOSITORS ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. THE DEPOSITORS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM Tris-HCl, 1mM EDTA, 50mM NaCl, 5mM 2-mercaptoethanol, 5% (w/v) PEG 400, 10% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月13日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→25.99 Å / Num. all: 6932 / Num. obs: 6733 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KJZ 解像度: 2.65→25.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 79196.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 148.192 Å2 / ksol: 0.241404 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→25.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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