PDB-3kik: Sgf11:Sus1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kik

タイトル

Sgf11:Sus1 complex

要素

Protein SUS1
SAGA-associated factor 11

キーワード

TRANSCRIPTION / articulated hirpin fold / SAGA complex / Activator / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / mRNA transport / Nuclear pore complex / Protein transport / Translocation / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

DUBm complex / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stewart, M. / Ellisdon, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the interaction between yeast Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex components Sgf11 and Sus1
著者: Ellisdon, A.M. / Jani, D. / Kohler, A. / Hurt, E. / Stewart, M.

履歴

登録	2009年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3kik.ent.gz	169 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kik_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kik_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
XML形式データ	3kik_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3kik_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/3kik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/3kik	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kjlC 2fwbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6y06-d 2bt2-4 6ut2-d 1qey-d 4npf-2 4esr-d 2dlv-d 1ls4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein SUS1

E: SAGA-associated factor 11

B: Protein SUS1

F: SAGA-associated factor 11

C: Protein SUS1

G: SAGA-associated factor 11

D: Protein SUS1

H: SAGA-associated factor 11

56.7 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Protein SUS1

E: SAGA-associated factor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Protein SUS1

F: SAGA-associated factor 11

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14.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Protein SUS1

G: SAGA-associated factor 11

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14.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Protein SUS1

H: SAGA-associated factor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.153, 75.153, 197.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

SAGA complex

#1: タンパク質	Protein SUS1 分子量: 11094.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see publication for details 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUS1, YBR111W-A / プラスミド: pNMTK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6WNK7
#2: タンパク質・ペプチド	SAGA-associated factor 11 / 11 kDa SAGA-associated factor 分子量: 3074.420 Da / 分子数: 4 / Fragment: Sus1 binding region of Sgf11 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see publication for details 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SGF11, YPL047W / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q03067
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 3.2 M Na formate. See publication for details, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54059 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月4日 / 詳細: osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54059 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 36176 / Num. obs: 36176 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5136 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 2FWB residues 21-90 of chain C

2fwb

解像度: 2.1→19.86 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2306	1991	5.52 %	Random but accounting for merohedral symmetry using PHENIX
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	36040	98.37 %	-
all	-	36167	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.407 Å² / k_sol: 0.413 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3814	0	0	257	4071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.517	13957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.981	2027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	651
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1404	0.205	108	0.2414	1838	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1404-2.184	0.2666	108	0.2461	1832	X-RAY DIFFRACTION	98
2.184-2.2314	0.2567	107	0.2405	1835	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2314-2.2833	0.2555	104	0.248	1870	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2833-2.3403	0.2147	111	0.2471	1869	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3403-2.4035	0.2666	109	0.2304	1835	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4035-2.474	0.2962	110	0.2386	1860	X-RAY DIFFRACTION	98
2.474-2.5537	0.2377	108	0.2412	1893	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5537-2.6448	0.2771	112	0.2288	1888	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6448-2.7505	0.267	111	0.2344	1925	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7505-2.8753	0.3464	112	0.2279	1919	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8753-3.0264	0.2605	103	0.2135	1930	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0264-3.2152	0.276	113	0.203	1914	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2152-3.4623	0.2021	111	0.198	1925	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4623-3.8085	0.2177	116	0.1677	1925	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8085-4.3545	0.1504	118	0.1382	1926	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3545-5.4672	0.1846	115	0.1557	1924	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4672-19.8609	0.2829	114	0.2095	1942	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	0.1549	0.6259	-0.2247	0.2457	0.0981	0.4284	-0.8659	-0.652	-0.5434	0.2474	-0.3646	-0.9958	-0.7186	-0.1906	0.0016	0.7269	0.0007	-0.1457	0.5336	0.1184	0.9202	25.7073	66.6696	-3.5298
2		0.1476	0.0468	-0.2868	0.1359	-0.044	0.2088	-0.4582	-0.7491	-0.7969	-0.4949	-0.4718	0.0867	0.6805	0.1544	-0.0011	0.5728	-0.1028	0.0924	0.4693	-0.1526	1.4494
3		0.1201	-0.0302	-0.2323	0.1529	0.0252	0.1947	-1.0813	-0.7708	-1.1049	-0.1334	0.5409	-0.731	-0.0377	-0.2646	0.0009	0.4933	0.0599	0.0197	0.357	-0.0828	0.8036
4		0.0356	0.0896	-0.1755	0.1258	-0.1023	0.0687	0.4356	-0.34	-0.5724	0.5641	-0.0579	0.0974	-0.769	-0.1328	0.001	0.7871	-0.0694	-0.1572	0.7331	-0.0475	0.4582
5		0.3899	0.1932	-0.3653	0.3608	-0.3087	0.3081	-0.3701	-0.5278	-0.5445	0.7918	0.2765	0.2717	0.0559	-1.12	-0.0002	0.4721	0.1516	0.0665	0.6981	-0.1434	0.3941
6		0.1265	0.0197	0.0468	0.1066	-0.1105	0.0946	0.3657	1.5679	-0.9199	0.2611	-0.9434	-0.0069	-1.1985	-1.7089	0.0027	0.7276	0.4358	0.0249	1.0726	-0.2217	0.5537
7		0.1623	0.1553	0.2786	0.8465	-0.0096	0.2088	-0.0527	-0.1899	0.3878	0.5623	0.0755	-0.1241	-0.6504	-0.7339	0.0002	0.4716	0.1309	-0.0846	0.5095	-0.1378	0.4068
8		0.3135	0.0645	-0.0393	0.0558	0.0179	0.2998	-0.7393	-1.3396	1.0791	1.2102	0.0075	-0.0355	-1.7552	-0.1226	0.0032	0.6115	0.1745	-0.2131	0.6971	-0.1115	0.5804
9		0.5325	0.4291	-0.4177	0.2141	0.2939	0.4546	-0.2683	-1.1335	-0.3742	-0.0295	0.1829	-0.0478	-0.8785	0.5543	0.0005	0.6419	0.0006	-0.1756	0.4661	0.0611	0.504
10		0.3752	-0.0334	-0.068	0.2886	0.4152	0.062	-0.6133	-1.0448	-0.5471	0.4171	-0.0514	-1.8675	0.3425	0.7281	-0.0029	0.4553	-0.11	-0.1372	0.4434	0.2996	0.7452
11		0.1289	-0.1319	0.064	0.1037	-0.2076	-0.0206	0.5038	0.3854	-0.0275	0.3695	-1.2389	-0.5059	0.6017	0.9723	0.0004	0.6542	-0.0492	0.0829	0.6916	0.0807	1.0761
12		0.1608	0.0426	-0.1676	0.0886	0.0151	0.1345	-0.8127	-0.6198	-0.3187	0.2752	-0.0915	-1.0088	1.8409	-0.8935	-0.0004	0.7159	-0.0947	0.0989	0.7911	-0.1013	0.8344
13		0.2474	-0.0433	0.2024	0.1395	0.1054	0.1767	0.2	-0.462	0.5105	1.0018	0.4979	0.0975	0.259	1.0219	-0.0004	0.4188	0.0717	-0.0277	0.5833	-0.1092	0.4593
14		0.5301	0.2577	0.2325	0.2011	0.8029	0.0828	-0.0534	0.3243	0.6075	-0.1295	0.0518	-0.1346	0.0421	0.3294	0.0001	0.4428	0.0274	0.0073	0.3806	0.0158	0.3718
15		0.2488	-0.011	0.1775	0.2411	-0.0451	0.1547	-0.9955	0.7667	0.538	-0.9882	0.6813	-0.3885	0.7514	-0.4095	0.001	0.5798	-0.086	0.0261	0.5093	-0.0361	0.4452
16		0.5037	0.335	0.1412	0.4791	0.0265	0.1763	0.4246	-0.0684	-0.0395	-0.9433	0.3862	0.5574	0.7048	-0.1474	-0.0006	0.7281	-0.1113	-0.0879	0.4469	-0.0471	0.4305
17		0.743	-0.079	0.105	-0.0773	0.1347	0.2486	0.5321	-0.1221	-0.3752	-0.4637	-0.1419	0.475	0.9161	0.2894	0	0.5584	0.0782	-0.0208	0.404	-0.1001	0.5047
18		0.7374	0.4711	-0.2609	0.4741	0.207	0.499	-0.0379	-0.0279	-0.2287	-0.6493	0.4691	-0.1215	0.6613	0.6039	-0.001	0.6504	0.1607	0.1555	0.6426	-0.0196	0.4827
19		0.6431	0.2474	0.09	0.0693	0.6109	0.3197	-0.1455	0.2872	0.3409	-0.1526	-0.0823	0.4589	0.7497	1.1443	-0.0001	0.5436	0.0982	0.0383	0.6786	0.0414	0.4984
20		-0.0759	-0.0739	0.0802	0.3154	0.0048	0.0978	1.0035	0.5103	1.8777	-1.2434	-1.3206	1.0008	-1.8713	0.9712	0.0004	0.6194	-0.0658	0.2338	0.8939	-0.0198	1.3542
21		-0.041	-0.0312	0.0482	-0.053	-0.0387	-0.029	0.4605	1.0531	0.5541	-0.0573	0.0457	-0.4691	-1.541	-0.8901	0.0005	0.9775	0.4883	-0.249	1.0198	-0.3667	1.2162
22		0.1529	-0.0205	-0.0334	0.2856	-0.0526	0.1351	0.1518	-0.1973	1.3974	-0.915	-0.1878	-0.0134	-0.9707	-0.0028	0.0001	0.8199	0.0923	-0.0543	0.4901	0.0031	0.6881
23		0.4022	-0.1017	0.1458	0.448	-0.7999	0.0781	0.4863	-0.1715	0.461	-0.1408	0.022	0.308	0.1273	-0.0561	0.0009	0.2982	0.0327	0.0845	0.2942	0.0253	0.3322
24		0.1794	-0.0125	0.2542	0.1951	-0.246	0.194	0.1647	-0.2554	-0.0034	0.9948	0.1722	-0.2811	-0.4433	0.7101	-0.0005	0.4637	-0.0114	-0.0446	0.4137	0.0359	0.4394
25		0.1584	0.919	0.5326	0.1833	-0.4907	0.4905	0.3816	-0.4332	-0.1118	0.3382	-0.312	-0.3898	0.9888	-0.3588	-0.0002	0.5248	-0.1258	0.0217	0.4902	0.0485	0.2031
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48		0.0449	-0.1046	0.1803	0.2147	0.0853	0.0797	0.3337	0.2998	0.3714	-0.3968	-0.343	1.1143	0.0766	-0.0523	0.0011	0.5279	0.1539	-0.04	0.6054	0.1026	0.4559
49		-0.0785	0.5126	0.6014	0.3646	-0.064	0.6256	0.4146	-0.2388	-0.0301	0.4028	-0.2163	-0.7165	0.3092	0.0054	0.0005	0.4513	0.0477	0.0744	0.54	0.1196	0.4303
50		0.302	-0.0756	-0.1301	0.2405	-0.1345	0.6815	0.3629	0.123	0.0464	-0.3382	-0.1523	0.126	-0.5978	0.2237	-0.0003	0.4643	-0.0028	-0.1296	0.2475	-0.0095	0.4192
51		0.0863	0.2403	-0.2041	-0.1489	0.0616	0.0199	-0.1772	0.4444	-0.0081	0.0963	-0.0803	0.018	0.1315	0.4088	-0.0003	0.329	-0.0438	-0.0456	0.4037	0.121	0.478
52		0.2679	-0.1422	0.0983	0.0629	0.0072	0.2532	-0.1934	0.4456	0.0902	-0.4186	0.3991	1.0543	0.1107	0.9566	-0.0024	0.5118	-0.0142	0.0016	0.489	0.0748	0.3903

精密化 TLSグループ

Selection details: chain H and resid 26:32)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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