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- PDB-3ki9: Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sape... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ki9
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep/DapE) in the Mn2+ bound form
要素Putative dipeptidase SACOL1801
キーワードHYDROLASE / Mn+2 bound form-Dipeptidase (DapE) / Metallopeptidase / Sapep / M20 peptidase / Dipeptidase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine deacetylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / dipeptidase activity / L-arginine biosynthetic process / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M20A, peptidase V-related / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Putative dipeptidase SACOL1801
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Girish, T.S. / Gopal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep) reveals large domain motions between the manganese-bound and apo-states
著者: Girish, T.S. / Gopal, B.
履歴
登録2009年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dipeptidase SACOL1801
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5454
ポリマ－55,3401
非ポリマー2053
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.150, 158.150, 158.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Putative dipeptidase SACOL1801 / Metallopeptidase / DapE


分子量: 55339.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: dipeptidase PepV(SACOL1801) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5HF23, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 6.8
詳細: 0.2M Megnesium Acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.8, 22.0% Polyethylene glycol 8000, Microbatch method under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 14758 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 69.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2141 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KHX, independent domains

3khx


解像度: 2.9→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 29.04 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 745 5.1 %RANDOM
Rwork0.20212 ---
obs0.20492 13998 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.555 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.398 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3662 0 7 26 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9371.9465064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8455464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.88825.316190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34515603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.691514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3041.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57723707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.69531424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2324.51357
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 45 -
Rwork0.327 1024 -
obs-1024 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.970.001-0.20671.1052-0.11970.66260.08720.0660.08350.0618-0.08370.0483-0.0637-0.021-0.00350.0527-0.00880.02660.0144-0.00350.017951.9904-29.55875.0527
20.813-0.3473-0.12681.77220.22761.06270.0334-0.1002-0.08340.0864-0.0556-0.12330.0040.07940.02220.0187-0.0199-0.00960.0320.01870.025957.6076-61.021218.0286
30.8729-0.8301-0.30761.3261-0.27481.32010.0276-0.0565-0.00970.05440.05490.1598-0.0504-0.1069-0.08240.0252-0.01370.03320.029-0.01490.054138.9555-33.004812.7438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A184 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3A385 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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