PDB-3khz: Crystal Structure of R350A mutant of Staphylococcus aureus metall...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3khz

タイトル

Crystal Structure of R350A mutant of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep/DapE) in the apo-form

要素

Putative dipeptidase SACOL1801

キーワード

HYDROLASE / R350A mutant-Dipeptidase / DapE / Metallopeptidase / Dipeptidase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / dipeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Girish, T.S. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Staphylococcus aureus metallopeptidase (Sapep) reveals large domain motions between the manganese-bound and apo-states
著者: Girish, T.S. / Gopal, B.

履歴

登録	2009年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3khz.cif.gz	349.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3khz.ent.gz	285.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3khz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3khz_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3khz_full_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示
XML形式データ	3khz_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	3khz_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3khxSC 3ki9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3khx-1 5o15-d 5cuq-d 4huo-2 5il5-1 5h31-2 5h31-1 6m83-1 5q13-d 2ygp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative dipeptidase SACOL1801

B: Putative dipeptidase SACOL1801

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative dipeptidase SACOL1801

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative dipeptidase SACOL1801

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.750, 133.520, 67.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative dipeptidase SACOL1801 / Metallopeptidase (DapE) 分子量: 55253.539 Da / 分子数: 2 / 変異: R350A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: dipeptidase PepV(SACOL1801) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HF23, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative dipeptidase SACOL1801 / Metallopeptidase (DapE)

分子量: 55253.539 Da / 分子数: 2 / 変異: R350A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: dipeptidase PepV(SACOL1801) / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5HF23, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, 30.0% PEG Mono-methyl-ether 5000, pH 6.5, Microbatch method under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月12日 / 詳細: OSMIC MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→60.16 Å / Num. obs: 39597 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 58.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 5730 / R_sym value: 0.442 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KHX

3khx

解像度: 2.5→49.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 20.762 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2693	1984	5 %	RANDOM
R_work	0.20776	-	-	-
obs	0.21077	37576	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.954 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	-1.75 Å²
2-	-	-2.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.37 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.294 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6767	0	0	113	6880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.946	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.386	5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.307	25.367	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.953	15	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.597	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.588	1.5	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.111	2	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.627	3	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.619	4.5	2486

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	141	-
R_work	0.274	2739	-
obs	-	2739	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4892	-0.94	0.6346	2.8434	-0.5497	4.2805	0.0188	0.0726	0.0989	-0.3304	-0.1574	0.3393	0.1845	-0.1005	0.1385	0.0647	0.0039	-0.0613	0.0225	-0.0144	0.0901	-6.5403	11.906	-2.017
2	0.8964	0.8315	-0.0863	5.5865	-1.1001	2.9055	-0.1056	0.4138	-0.088	-0.631	0.0059	0.4621	0.3504	-0.4722	0.0996	0.4932	0.0391	-0.1672	0.4511	-0.0447	0.2331	-10.019	11.7764	-16.4336
3	2.2666	-0.7306	-0.1478	3.9593	0.8674	1.6974	-0.1121	-0.0766	-0.2312	0.2803	0.1228	0.3513	0.125	-0.0679	-0.0107	0.037	0.0164	-0.011	0.0193	-0.0091	0.1561	-33.5053	42.517	-28.3301
4	2.4061	-0.6934	-0.7419	6.452	-0.4368	0.3424	-0.1246	-0.1807	-0.1959	0.6485	0.0718	0.9198	-0.0023	-0.0813	0.0529	0.1765	-0.0554	0.0658	0.4428	-0.0998	0.6532	-47.9823	41.6839	-26.7571
5	1.2764	0.8585	0.5167	5.6686	-0.7831	1.0561	0.0596	-0.1676	0.0689	0.0974	-0.0033	0.2137	0.0795	0.0104	-0.0563	0.0148	0.0048	-0.0065	0.042	-0.0129	0.0234	-11.3106	61.6462	-9.2944
6	1.5683	0.0041	-0.3656	6.2198	-0.9811	1.3007	0.0232	0.1131	0.0731	0.3478	0.1572	0.326	-0.1016	0.0298	-0.1805	0.0233	0.0113	0.0221	0.0613	0.0423	0.0806	-39.8939	91.9475	-23.9293

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	389 - 465
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	389 - 465
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	183 - 388
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	183 - 388

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)