PDB-3kg8: Dehydratase domain from CurJ module of Curacin polyketide synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kg8

タイトル

Dehydratase domain from CurJ module of Curacin polyketide synthase

要素

CurJ

キーワード

LYASE / polyketide synthase / double hotdog fold / dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lyngbya majuscula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Akey, D.L. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from the Curacin Polyketide Biosynthetic Pathway.
著者: Akey, D.L. / Razelun, J.R. / Tehranisa, J. / Sherman, D.H. / Gerwick, W.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kg8.cif.gz	123.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kg8.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kg8_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kg8_full_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示
XML形式データ	3kg8_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3kg8_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg6C 3kg7C 3kg9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o15-d 5tz6-d 5il5-1 5hsx-3 5il5-2 3kg7-1 5o16-d 5bkb-1 6bqz-d 1zxc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CurJ

B: CurJ

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.416, 70.345, 174.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CurJ 分子量: 34574.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Dehydratase domain, residues 941-1245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyngbya majuscula (バクテリア) / 遺伝子: curJ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DNE3, EC: 4.2.1.61
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 3350, 2-10% 1,4 butanediol, 250 mM NaCl, 100 mM bis-Tris propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 21789 / Num. obs: 21789 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.799 / % possible all: 95

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG8

解像度: 2.45→43.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 19.247 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.692 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25849	1115	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19543	-	-	-
obs	0.19865	20616	97.71 %	-
all	-	21731	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4503	0	0	74	4577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.171	1.94	6250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.651	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.127	25.591	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.552	15	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.865	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.351	5	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.585	7	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.505	5	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.41	7	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.516 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	67	-
R_work	0.263	1267	-
obs	-	-	81.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0263	-0.3849	-1.154	2.0881	-0.6231	2.87	-0.0659	0.4271	-0.229	-0.3452	-0.0209	-0.1128	0.0064	0.0499	0.0867	-0.0668	-0.0363	0.0442	-0.0581	-0.0661	-0.0672	42.772	38.427	75.291
2	3.175	-0.1817	-0.1557	2.1004	-0.081	1.6383	-0.1159	-0.2008	-0.1991	0.1167	0.0469	0.0203	0.1096	-0.0691	0.0689	-0.1069	-0.0158	0.0306	-0.0912	0.0071	-0.0615	28.095	33.919	91.783
3	3.5942	0.8463	-0.3173	2.1094	-0.5144	1.6551	-0.0141	0.4624	0.1062	-0.1035	0.0782	0.2336	-0.0267	-0.279	-0.0641	-0.124	-0.0076	-0.0406	0.0133	-0.0156	-0.0597	20.802	40.949	79.374
4	1.3311	1.5735	-3.5457	3.7526	-2.7231	10.5843	-0.3626	-1.4753	-1.013	0.3114	-0.0976	-0.4985	0.9942	0.7964	0.4603	0.1987	-0	-0.0282	-0.1244	0.0813	0.1431	28.893	24.382	101.052
5	4.6314	-1.6222	-3.3105	2.6229	0.1514	8.9696	0.1982	-0.0271	0.3171	-0.1166	0.0116	0.1253	-0.0688	0.0774	-0.2098	-0.0904	-0.041	0.0941	-0.0369	-0.0608	-0.157	54.298	41.458	54.752
6	3.563	0.6483	-2.7262	3.669	0.6574	7.6939	-0.0615	0.3978	0.0099	-0.1961	0.1147	-0.078	0.3428	0.1078	-0.0532	-0.0198	-0.0278	0.0523	0.0209	-0.0053	-0.1785	62.394	38.397	34.834
7	4.7928	0.7458	0.2118	2.1692	1.2263	4.911	0.0197	-0.0288	-0.6027	0.0044	-0.2602	0.0744	1.5031	0.3007	0.2405	0.2538	0.1263	0.1612	-0.0938	-0.0422	-0.0888	62.669	24.506	42.496
8	7.8769	0.8191	2.9448	0.4497	-1.2349	7.6167	-0.643	0.6343	0.6736	-0.1703	0.3405	0.2677	-0.755	-0.0955	0.3025	0.2443	-0.1718	0.023	0.2144	-0.0295	-0.1237	60.933	45.173	22.251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	941 - 968
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	987 - 1016
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1027 - 1078
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1118 - 1242
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	969 - 986
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1017 - 1026
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1101 - 1117
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1079 - 1100
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	941 - 968
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	987 - 1016
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1027 - 1078
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1118 - 1242
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	969 - 986
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1017 - 1026
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1101 - 1117
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1079 - 1100

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関連情報:EMDBヘッダ

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