PDB-3kg7: Dehydratase domain from CurH module of Curacin polyketide synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kg7

タイトル

Dehydratase domain from CurH module of Curacin polyketide synthase

要素

CurH

キーワード

LYASE / polyketide synthase / double hotdog fold / dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lyngbya majuscula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Akey, D.L. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from the Curacin Polyketide Biosynthetic Pathway.
著者: Akey, D.L. / Razelun, J.R. / Tehranisa, J. / Sherman, D.H. / Gerwick, W.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kg7.cif.gz	232.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kg7.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg6C 3kg8C 3kg9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mlx-d 4bym-d 5tz6-d 4huo-2 5o15-d 3kg8-d 4hup-2 5bkb-1 5il5-1 2vc3-1 5mly-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (13)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CurH

B: CurH

C: CurH

D: CurH

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CurH

C: CurH

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CurH

D: CurH

登録者が定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
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3

A: CurH

ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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4

B: CurH

ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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5

C: CurH

ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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6

D: CurH

ソフトウェアが定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.163, 74.447, 103.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	C
2	2	A
1	3	D
2	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	B	930 - 1038
2	1	1	2	A	930 - 1038
1	2	1	2	B	1045 - 1055
2	2	1	2	A	1045 - 1055
1	3	1	2	B	1080 - 1141
2	3	1	2	A	1080 - 1141
1	4	1	2	B	1153 - 1184
2	4	1	2	A	1153 - 1184
1	5	1	2	B	1191 - 1225
2	5	1	2	A	1191 - 1225
1	1	2	2	C	930 - 1038
2	1	2	2	A	930 - 1038
1	2	2	2	C	1045 - 1055
2	2	2	2	A	1045 - 1055
1	3	2	2	C	1080 - 1141
2	3	2	2	A	1080 - 1141
1	4	2	2	C	1153 - 1184
2	4	2	2	A	1153 - 1184
1	5	2	2	C	1191 - 1225
2	5	2	2	A	1191 - 1225
1	1	3	2	D	930 - 1038
2	1	3	2	A	930 - 1038
1	2	3	2	D	1045 - 1055
2	2	3	2	A	1045 - 1055
1	3	3	2	D	1080 - 1141
2	3	3	2	A	1080 - 1141
1	4	3	2	D	1153 - 1184
2	4	3	2	A	1153 - 1184
1	5	3	2	D	1191 - 1225
2	5	3	2	A	1191 - 1225

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	CurH 分子量: 32948.219 Da / 分子数: 4 / 断片: Dehydratase domain, residues 934-1233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyngbya majuscula (バクテリア) / 遺伝子: curH / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DNE5, EC: 4.2.1.61
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 4000, 10% PEG 400, 2 mM DTT, 100 mM bis-Tris propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945, 0.97962

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	0.97962	1

Reflection

冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 19.67 / 数: 228164 / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 1.1 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 58230 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.03	50	99.6	1	0.056	0.944	3.9
4.79	6.03	100	1	0.07	1.053	4
4.18	4.79	99.9	1	0.074	1.076	3.9
3.8	4.18	100	1	0.084	0.991	3.9
3.53	3.8	99.8	1	0.119	1.027	3.8
3.32	3.53	100	1	0.162	1.049	3.9
3.15	3.32	100	1	0.233	1.077	3.9
3.02	3.15	100	1	0.356	1.163	3.9
2.9	3.02	100	1	0.568	1.31	3.9
2.8	2.9	100	1	0.784	1.316	3.9

反射

解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 29940 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 80.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.813 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.77→48.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 39.651 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1996	6.7 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.208	29844	98.8 %	-
all	-	29844	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.68 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	5.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→48.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9031	0	0	45	9076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.085	1.958	12668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.482	5	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.868	24.6	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.537	15	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.187	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	6243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.087	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.678	5	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.52	7	9362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.838	5	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.532	7	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	952	tight positional	0.03	0.05
2	C	956	tight positional	0.04	0.05
3	D	952	tight positional	0.04	0.05
1	B	938	medium positional	0.41	0.5
2	C	941	medium positional	0.55	0.5
3	D	938	medium positional	0.46	0.5
1	B	952	tight thermal	0.08	0.5
2	C	956	tight thermal	0.07	0.5
3	D	952	tight thermal	0.07	0.5
1	B	938	medium thermal	0.52	2
2	C	941	medium thermal	0.55	2
3	D	938	medium thermal	0.62	2

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	116	-
R_work	0.274	1801	-
obs	-	-	87.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1741	-1.0019	-3.2427	5.1833	-0.325	8.0765	0.2119	0.0535	0.019	-0.0728	-0.0258	-0.2942	-0.2652	0.3177	-0.1861	-0.2552	-0.0302	-0.0841	-0.4585	0.0351	-0.239	37.476	34.241	48.569
2	4.3016	-1.0071	-1.8481	3.0694	-0.7615	5.6206	0.0571	-0.7613	0.0254	0.6369	0.1334	-0.1214	-0.3051	0.3288	-0.1906	0.0162	0.078	0.0046	-0.2065	0.0962	-0.2926	29.39	32.499	68.289
3	2.564	0.4957	0.6663	4.1243	-1.3667	7.5034	0.5516	-0.0846	0.783	0.4036	0.0717	0.2516	-1.4494	-0.4758	-0.6233	0.1468	0.138	0.2252	-0.3479	0.0223	-0.1331	24.858	44.921	61.31
4	8.6854	-2.0817	-3.2591	8.2552	-2.5208	5.2506	-0.6355	-1.3028	-0.6868	1.1255	0.5132	0.5073	0.8056	0.6511	0.1223	-0.0067	-0.0406	-0.1831	-0.1726	0.2229	-0.2366	26.304	19.662	73.129
5	3.2303	-0.1969	-1.0307	3.3986	-0.8868	9.5127	0.0211	-0.5729	0.1306	0.2841	-0.1488	-0.0626	-0.3311	0.9805	0.1276	-0.4157	-0.0348	0.0609	-0.0782	0.0778	-0.2313	70.55	-0.225	6.96
6	4.2869	0.2143	-1.2439	3.3223	-0.7717	5.9133	0.097	-0.188	-0.0007	-0.4124	-0.1381	-0.2447	-0.1062	1.0755	0.041	-0.2273	0.04	0.0418	-0.115	0.1445	-0.2481	75.218	0.708	-13.944
7	3.3333	1.0318	-0.1443	2.0897	-3.1952	11.8168	-0.2249	-0.1296	-0.4282	-0.2534	-0.1738	-0.3507	1.2924	1.957	0.3987	-0.2874	0.3464	0.1812	0.146	0.1306	-0.1156	81.209	-11.247	-7.209
8	6.4955	-0.9162	2.3058	4.4869	0.4829	11.0533	0.0023	0.5687	-0.3243	-0.7424	-0.5567	-0.0983	-0.6745	-0.47	0.5543	-0.0395	-0.0646	-0.0096	-0.5288	0.2462	-0.0935	66.143	6.127	-22.709
9	4.9191	4.0201	0.193	6.1879	0.7844	6.3915	0.0431	0.284	-0.6928	0.2961	0.1163	-0.4525	0.3435	-0.2394	-0.1594	-0.3882	0.0411	0.0537	-0.3233	-0.099	-0.1508	44.846	35.708	26.91
10	4.087	1.1917	-0.2333	5.5782	0.5003	4.764	-0.6065	1.0675	-0.5819	-1.379	0.7619	-0.9108	0.1168	0.4593	-0.1554	0.0353	-0.3082	0.3434	0.3381	-0.2907	-0.0976	50.795	38.742	6.367
11	10.8229	2.1958	-2.8297	5.3805	0.3403	2.9141	-0.6173	1.5469	-1.2352	-1.3561	1.1147	-0.3958	0.583	-0.5275	-0.4974	0.2069	-0.3521	0.1639	0.2117	-0.5002	-0.2024	39.663	28.697	7.864
12	3.1482	2.4359	-2.3016	10.9725	-9.4218	8.1072	-0.9052	0.4853	0.5456	-1.0075	-0.4237	-0.5667	-2.0232	1.2808	1.3288	-0.0119	-0.2346	0.2949	0.449	0.0881	0.1179	55.207	51.389	2.374
13	7.3065	1.003	-0.9489	2.6613	-1.6765	5.2493	0.6737	0.1791	0.8897	0.1562	-0.4513	-0.0642	-0.2957	0.4963	-0.2224	-0.1888	-0.1587	0.155	-0.1567	-0.1167	-0.2187	64.003	-2.226	28.808
14	6.3026	0.5958	0.7725	1.8127	0.1743	4.0606	0.7759	-1.6888	0.5165	0.6854	-0.442	-0.0964	-0.0899	0.2641	-0.334	0.1856	-0.5077	0.0832	0.3621	-0.1851	-0.2512	58.644	-6.24	49.127
15	6.4604	1.0882	-2.8494	1.6806	-0.7314	7.7792	0.7409	-0.6573	-0.1858	0.363	-0.5044	0.4802	0.4666	-0.1062	-0.2366	-0.1309	-0.3088	0.0893	-0.1169	-0.123	-0.3216	48.144	-10.683	39.483
16	13.2404	4.3404	-4.7152	8.3411	-4.9854	8.5648	0.058	-1.7739	-0.08	0.1794	0.0177	-0.5589	0.7543	0.2895	-0.0757	0.3066	-0.3303	-0.2115	0.4825	-0.3281	-0.4002	68.456	-8.994	58.436

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	938 - 962
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	981 - 1005
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1016 - 1055
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1096 - 1223
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	963 - 980
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1006 - 1015
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1080 - 1095
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1056 - 1079
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	939 - 962
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	981 - 1005
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1016 - 1055
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1096 - 1223
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	963 - 980
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1006 - 1015
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1080 - 1095
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1056 - 1079
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	937 - 962
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	981 - 1005
19	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1016 - 1055
20	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1096 - 1223
21	X-RAY DIFFRACTION	11	C	963 - 980
22	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1006 - 1015
23	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1080 - 1095
24	X-RAY DIFFRACTION	12	C	1056 - 1079
25	X-RAY DIFFRACTION	13	D	939 - 962
26	X-RAY DIFFRACTION	13	D	981 - 1005
27	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1016 - 1055
28	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1096 - 1223
29	X-RAY DIFFRACTION	15	D	963 - 980
30	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1006 - 1015
31	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1080 - 1095
32	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1056 - 1079

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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