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- PDB-3ke4: Crystal structure of a PduO-Type ATP:Cob(I)alamin adenosyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ke4
タイトルCrystal structure of a PduO-Type ATP:Cob(I)alamin adenosyltransferase from Bacillus cereus
要素Hypothetical Cytosolic Protein
キーワードTRANSFERASE / Helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Corrinoid adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, A.K. / Moon, J.H. / Chi, Y.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a PduO-Type ATP:Cob(I)alamin adenosyltransferase from Bacillus cereus
著者: Park, A.K. / Moon, J.H. / Chi, Y.M.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical Cytosolic Protein
B: Hypothetical Cytosolic Protein
C: Hypothetical Cytosolic Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,51411
ポリマ－71,8093
非ポリマー7058
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.927, 137.083, 158.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical Cytosolic Protein / ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase / putative


分子量: 23936.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q813T7, corrinoid adenosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE


分子量: 88.105 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / Mosaicity: 0.224 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 1.52M ammonium sulfate, 9%(v/v) dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23986 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月29日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 53001 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.801 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.972.20.17638220.58369
1.97-2.052.60.14547240.6485
2.05-2.143.40.13653490.82396.7
2.14-2.253.90.10754740.91898
2.25-2.3940.08254740.87698.4
2.39-2.584.10.06655150.89198.8
2.58-2.844.20.05455630.81699.1
2.84-3.254.40.03955950.80199.4
3.25-4.094.60.02756500.74699.5
4.09-504.60.02458350.71499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ah6

2ah6


解像度: 1.9→39.64 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 2675 4.8 %
Rwork0.182 --
obs-52958 94.4 %
溶媒の処理Bsol: 58.322 Å2
原子変位パラメータBiso max: 82.4 Å2 / Biso mean: 24.478 Å2 / Biso min: 2.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.308 Å20 Å20 Å2
2--6.853 Å20 Å2
3----4.544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4021 0 48 359 4428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.047
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4dox.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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