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- PDB-3kdo: Crystal structure of Type III Rubisco SP6 mutant complexed with 2-CABP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kdo
タイトルCrystal structure of Type III Rubisco SP6 mutant complexed with 2-CABP
要素Ribulose bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE / ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase / Rubisco / Carbon dioxide fixation / Magnesium / Metal-binding / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP catabolic process / ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain ...Ribulose bisphosphate carboxylase, type III / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakaraensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Nishitani, Y. / Fujihashi, M. / Doi, T. / Yoshida, S. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based catalytic optimization of a type III Rubisco from a hyperthermophile
著者: Nishitani, Y. / Yoshida, S. / Fujihashi, M. / Kitagawa, K. / Doi, T. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase
B: Ribulose bisphosphate carboxylase
C: Ribulose bisphosphate carboxylase
D: Ribulose bisphosphate carboxylase
E: Ribulose bisphosphate carboxylase
F: Ribulose bisphosphate carboxylase
G: Ribulose bisphosphate carboxylase
H: Ribulose bisphosphate carboxylase
I: Ribulose bisphosphate carboxylase
J: Ribulose bisphosphate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,76830
ポリマ－497,96410
非ポリマー3,80420
水32,6251811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62170 Å2
ΔGint-398 kcal/mol
Surface area127180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.481, 246.573, 134.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO


分子量: 49796.410 Da / 分子数: 10
変異: G326E, K327R, W328D, D329I, V330T, I331L, Q332G, N333F, A334V, R335D, I336L
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakaraensis (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: rbcL, TK2290 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O93627, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Acetate, 90mM CaCl2, 5% PEG6000, 10% MPD, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 249468 / % possible obs: 99.6 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GEH

1geh


解像度: 2.36→38.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 7.579 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 12530 5 %RANDOM
Rwork0.21886 ---
obs0.22111 236721 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å2-2.52 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→38.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34034 0 220 1811 36065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.02235120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5891.96247730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.96854369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.13923.4591587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.065155492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.73415216
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.25092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02127064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2041.521715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.379234532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.392313405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6854.513198
LS精密化 シェル解像度: 2.362→2.423 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 864 -
Rwork0.289 16970 -
obs--96.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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