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- PDB-3kde: Crystal structure of the THAP domain from D. melanogaster P-eleme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kde
タイトルCrystal structure of the THAP domain from D. melanogaster P-element transposase in complex with its natural DNA binding site
要素
  • 5'-D(*(BRU)P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*AP*AP*GP*(BRU)P*GP*GP*A)-3'
  • Transposable element P transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / THAP domain / DNA-binding domain / zinc-finger / beta-alpha-beta / P-element transposase / DNA integration / DNA recombination / DNA-binding / Metal-binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-element binding / transposase activity / DNA transposition / DNA integration / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
THAP domain / Herpes Virus-1 / 87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain ...THAP domain / Herpes Virus-1 / 87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain / THAP-type zinc finger superfamily / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile / Other non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Transposable element P transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Sabogal, A. / Lyubimov, A.Y. / Berger, J.M. / Rio, D.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: THAP proteins target specific DNA sites through bipartite recognition of adjacent major and minor grooves.
著者: Sabogal, A. / Lyubimov, A.Y. / Corn, J.E. / Berger, J.M. / Rio, D.C.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月1日Group: Other
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*TP*TP*AP*AP*GP*(BRU)P*GP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*(BRU)P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*C)-3'
C: Transposable element P transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9694
ポリマ－14,9043
非ポリマー651
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.692, 69.325, 35.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is a single THAP domain - dsDNA heterodimer

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*AP*AP*GP*(BRU)P*GP*GP*A)-3'


分子量: 3188.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic brominated ssDNA oligo
#2: DNA鎖 5'-D(*(BRU)P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*AP*AP*C)-3'


分子量: 3028.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic brominated ssDNA oligo
#3: タンパク質 Transposable element P transposase / P-element transposase


分子量: 8686.256 Da / 分子数: 1 / Fragment: THAP domain: UNP residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7M3K2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24% PEG 8000, 5 mM NaCl, 50 mM CAPSO pH 9.0, 10 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2NaCl11
3CAPSO11
4TCEP11
5PEG 800012
6NaCl12
7CAPSO12
8TCEP12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. all: 26096 / Num. obs: 26096 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.81 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1841 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 66.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXAUTOSOLモデル構築
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→35.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS - NOT INCLUDED IN FINAL MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 666 5.1 %RANDOM
Rwork0.17737 ---
obs0.17935 12316 100 %-
all-12316 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→35.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数567 404 1 107 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3232.4221519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84631514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.039579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81423.07726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05515111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.903155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02169
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 26 -
Rwork0.261 564 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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