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万見
- PDB-3kbp: KIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kbp
タイトルKIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE
要素PURPLE ACID PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER) / PURPLE ACID PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / ferric iron binding / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TUNGSTATE(VI)ION / Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Klabunde, T. / Strater, N. / Krebs, B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Mechanism of Fe(III)-Zn(II) purple acid phosphatase based on crystal structures.
著者: Klabunde, T. / Strater, N. / Frohlich, R. / Witzel, H. / Krebs, B.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of a Purple Acid Phosphatase Containing a Dinuclear Fe(III)-Zn(II) Active Site
著者: Strater, N. / Klabunde, T. / Tucker, P. / Witzel, H. / Krebs, B.
履歴
登録1995年10月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PURPLE ACID PHOSPHATASE
B: PURPLE ACID PHOSPHATASE
C: PURPLE ACID PHOSPHATASE
D: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,11836
ポリマ－201,2174
非ポリマー5,90132
水00
1
A: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,55918
ポリマ－100,6092
非ポリマー2,95016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
2
B: PURPLE ACID PHOSPHATASE
C: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,55918
ポリマ－100,6092
非ポリマー2,95016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
3
D: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子

D: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,55918
ポリマ－100,6092
非ポリマー2,95016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
4
B: PURPLE ACID PHOSPHATASE
C: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子

B: PURPLE ACID PHOSPHATASE
C: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,11836
ポリマ－201,2174
非ポリマー5,90132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area15570 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area57340 Å2
手法PISA
5
A: PURPLE ACID PHOSPHATASE
D: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: PURPLE ACID PHOSPHATASE
D: PURPLE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,11836
ポリマ－201,2174
非ポリマー5,90132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area15320 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area57740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.700, 347.300, 128.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.149152, -0.169295, -0.974214), (0.000972, -0.985209, 0.171355), (-0.988814, -0.026505, -0.146781)123.3931, 78.4517, 79.2225
2given(-0.143543, 0.177245, 0.973642), (0.002836, -0.983753, 0.179504), (0.98964, 0.028428, 0.140708)9.1121, 77.8473, -14.7662
3given(-0.950461, -0.003169, -0.310828), (0.002421, -0.999993, 0.002794), (-0.310835, 0.001903, 0.950462)139.75861, 178.7711, 21.9883

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要素

#1: タンパク質
PURPLE ACID PHOSPHATASE


分子量: 50304.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 111KDA DIMER, COMPLEX WITH TUNGSTATE / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: P80366, acid phosphatase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlenzyme1drop
24 %PEG100001drop
350 mMsodium acetate1drop
415 %PEG100001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. obs: 50898 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
Num. measured all: 153663
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→10 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 -5 %
Rwork0.189 --
obs0.189 40142 69.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13976 0 308 0 14284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.559
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.39
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.781
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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