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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kbo | ||||||
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タイトル | 2.14 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium in Complex with NADP | ||||||
要素 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NADP / NAD / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 2.14 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium in Complex with NADP. 著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kbo.cif.gz | 269.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kbo.ent.gz | 232 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35720.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: ghrA, STM1135, ycdW / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q8ZQ30, glyoxylate reductase (NADP+), hydroxypyruvate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 570分子
#2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-NDB / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.3M NDSB-211, 30% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10mm NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, ...詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.3M NDSB-211, 30% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10mm NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K; Cryo: oil, paratone |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月13日 / 詳細: Beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→30 Å / Num. all: 75710 / Num. obs: 75710 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3610 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.853 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.209 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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