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- PDB-3kaa: Structure of Tim-3 in complex with phosphatidylserine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kaa
タイトルStructure of Tim-3 in complex with phosphatidylserine
要素Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like / protein-ligand complex / beta barrel / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immune response to tumor cell / regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction ...negative regulation of immune response to tumor cell / regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of macrophage activation / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of innate immune response / anchoring junction / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of innate immune response / positive regulation of cytokine production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / Hepatitis A virus cellular receptor 2 / Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Ballesteros, A. / Santiago, C. / Casasnovas, J.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: T cell/transmembrane, Ig, and mucin-3 allelic variants differentially recognize phosphatidylserine and mediate phagocytosis of apoptotic cells.
著者: DeKruyff, R.H. / Bu, X. / Ballesteros, A. / Santiago, C. / Chim, Y.L. / Lee, H.H. / Karisola, P. / Pichavant, M. / Kaplan, G.G. / Umetsu, D.T. / Freeman, G.J. / Casasnovas, J.M.
履歴
登録2009年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月4日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2084
ポリマ－26,7132
非ポリマー4962
水362
1
A: Hepatitis A virus cellular receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3561
ポリマ－13,3561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8523
ポリマ－13,3561
非ポリマー4962
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.922, 71.922, 263.579
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Hepatitis A virus cellular receptor 2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3


分子量: 13356.444 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL CYS-RICH DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
遺伝子: Havcr2, Hepatitis A virus cellular receptor 2, Tim3, Timd3
プラスミド: pET-27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3KP82, UniProt: Q8VIM0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PSF / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLSERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン


分子量: 455.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34NO10P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 294 K / 手法: paraffin oil / pH: 5.6
詳細: 22% PEG 4000, 50mM NaF, 5mM CaCl2, 0.1M sodium citrate pH 5.6, paraffin oil, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 5225 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 697 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OYP

2oyp


解像度: 3.002→14.934 Å / SU ML: 1.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 232 4.56 %RANDOM
Rwork0.2352 ---
all0.2357 ---
obs0.2357 4946 94.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.373 Å2 / ksol: 0.277 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 94.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6246 Å20 Å20 Å2
2--8.6246 Å20 Å2
3----20.3847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→14.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 17 2 1730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7932376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4041086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054262
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0015-3.43120.35731140.3402260481
3.4312-4.30580.27711420.2574278587
4.3058-14.93390.20211460.1927302194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18660.1376-0.11580.8782-0.29860.66130.07230.5962-0.00030.23040.3011-0.5520.44450.43630.00030.45420.1797-0.23490.4413-0.09670.526930.909-6.287317.654
20.54470.12530.09381.97480.42640.7137-0.10460.4167-0.00950.21320.19390.04020.0160.16440.00010.450.01670.01190.4977-0.12310.43510.5879-9.73333.3429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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