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- PDB-3k8o: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8o
タイトルCrystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in complex with DATMe-ImmH
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / transition state analog inhibitor / DATMe-ImmH / hPNP / PNP / purine nucleoside phosphorylase / Cytoskeleton / Disease mutation / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process ...nicotinamide riboside catabolic process / Defective PNP disrupts phosphorolysis of (deoxy)guanosine and (deoxy)inosine / purine-containing compound salvage / deoxyinosine catabolic process / purine nucleobase binding / nucleotide biosynthetic process / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / urate biosynthetic process / IMP catabolic process / Ribavirin ADME / guanosine phosphorylase activity / nucleoside binding / Purine salvage / Purine catabolism / allantoin metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / phosphate ion binding / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-229 / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ho, M. / Rinaldo-matthis, A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of human purine nucleoside phosphorylase in complex with DATMe-Immucillin H
著者: Ho, M. / Rinaldo-matthis, A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Purine nucleoside phosphorylase
Q: Purine nucleoside phosphorylase
S: Purine nucleoside phosphorylase
T: Purine nucleoside phosphorylase
U: Purine nucleoside phosphorylase
Y: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,25628
ポリマ－193,1096
非ポリマー3,14722
水2,702150
1
E: Purine nucleoside phosphorylase
Q: Purine nucleoside phosphorylase
Y: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,12814
ポリマ－96,5553
非ポリマー1,57311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
2
S: Purine nucleoside phosphorylase
T: Purine nucleoside phosphorylase
U: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,12814
ポリマ－96,5553
非ポリマー1,57311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)269.212, 51.875, 129.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 32184.877 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP, PNP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00491, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-229 / 7-({[(1R,2S)-2,3-DIHYDROXY-1-(HYDROXYMETHYL)PROPYL]AMINO}METHYL)-3,5-DIHYDRO-4H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-4-ONE / 7-[[[(2R,3S)-1,3,4-トリヒドロキシブタン]-2-イルアミノ]メチル]-5H-ピロロ[3,2-d]ピリ(以下略)


分子量: 268.269 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 70268 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.493.70.58869870.915199.7
2.49-2.583.70.49670010.952199.8
2.58-2.73.70.38269180.955199.9
2.7-2.843.70.26670000.9851100
2.84-3.023.70.1970211.0131100
3.02-3.253.70.12870221.063199.9
3.25-3.583.70.08670001.03199.8
3.58-4.093.40.07369240.981197.9
4.09-5.143.60.04971180.984199.8
5.14-203.60.04172770.943199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 22.834 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.615 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3487 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 68897 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.11 Å2 / Biso mean: 46.589 Å2 / Biso min: 21.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.33 Å20 Å2-1.28 Å2
2--7.23 Å20 Å2
3----2.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13288 0 194 150 13632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02213784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.96918665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38951693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51223.439631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.048152268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.49815102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.58416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.911213529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54235368
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4094.55136
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.455 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 224 -
Rwork0.32 3640 -
all-3864 -
obs--75.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54240.89910.50560.91490.19371.64440.0102-0.15360.0778-0.0158-0.07350.19380.0037-0.55150.0633-0.02230.0103-0.0282-0.0472-0.0195-0.0085-48.536-3.015-13.908
21.7637-0.296-0.25780.9160.10981.35220.01040.26040.0611-0.1771-0.03760.0044-0.07560.04630.02730.0132-0.0068-0.025-0.2411-0.0055-0.0312-15.4373.408-29.443
32.6123-0.7999-0.56050.73390.16821.5704-0.0020.0984-0.1389-0.0249-0.01320.16560.159-0.14240.01510.0427-0.0278-0.0032-0.23150.0136-0.028517.22519.713-50.825
42.1714-0.17210.75891.30330.15892.1142-0.0648-0.32350.2470.2272-0.0434-0.193-0.07140.30130.10830.02950.0113-0.06-0.0392-0.02360.074650.28327.313-35.85
50.8160.1469-0.01641.1419-1.01812.91420.03490.27670.056-0.1932-0.2015-0.21990.20590.57670.16650.05290.05110.02880.01940.05240.038246.50525.371-72.916
61.21350.11970.19880.9809-0.61571.92530.032-0.21660.01050.0927-0.0326-0.0197-0.0632-0.11450.0007-0.04450.016-0.0246-0.2113-0.0321-0.07-18.5931.9917.467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E3 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2Q2 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3S3 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4T3 - 284
5X-RAY DIFFRACTION5U3 - 287
6X-RAY DIFFRACTION6Y3 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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