PDB-3k7d: C-terminal (adenylylation) domain of E.coli Glutamine Synthetase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k7d

タイトル

C-terminal (adenylylation) domain of E.coli Glutamine Synthetase Adenylyltransferase

要素

Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / nucleotidyl transferase domain / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

[glutamine synthetase] adenylyltransferase / [glutamine synthetase]-adenylyl-L-tyrosine phosphorylase / regulation of glutamine family amino acid metabolic process / [glutamate-ammonia-ligase] adenylyltransferase activity / [glutamine synthetase]-adenylyl-L-tyrosine phosphorylase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Xu, Y. / Carr, P.D. / Vasudevan, S.G. / Ollis, D.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Adenylylation Domain of E. coli Glutamine Synthetase Adenylyl Transferase: Evidence for Gene Duplication and Evolution of a New Active Site.
著者: Xu, Y. / Carr, P.D. / Vasudevan, S.G. / Ollis, D.L.

履歴

登録	2009年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k7d.cif.gz	213.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k7d.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k7d_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k7d_full_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示
XML形式データ	3k7d_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	3k7d_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v4aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jj4-3 6qav-2 3tv0-2 4xyx-d 4fpf-d 1qwt-d 3h2q-d 4bv4-d 2xyj-d 2vw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase

B: Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.542, 122.862, 143.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate-ammonia-ligase adenylyltransferase / [Glutamate--ammonia-ligase] adenylyltransferase / Glutamine-synthetase adenylyltransferase / ATase 分子量: 57228.953 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 449-946) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: b3053, glnE, JW3025 / プラスミド: pAT-C505 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P30870, [glutamine synthetase] adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月10日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 51021 / Num. obs: 49185 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 93.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1v4a

1v4a

解像度: 2.4→47.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU B: 14.109 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23548	2504	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18281	-	-	-
obs	0.18546	46630	96.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7962	0	65	380	8407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	8171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.145	1.967	11091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.706	5	989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.263	23.529	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.891	15	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.709	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.956	1.5	4945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.791	2	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.259	3	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.196	4.5	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	169	-
R_work	0.244	3297	-
obs	-	-	92.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2555	1.2028	0.5728	6.6125	-0.6702	2.8247	-0.0355	-0.2097	0.0243	0.3736	-0.1782	-0.6578	-0.1713	0.3435	0.2138	0.1678	-0.0457	-0.0274	0.1889	0.0298	0.0959	31.535	20.372	55.536
2	0.8318	0.325	-0.2364	1.5386	-1.1821	3.4288	0.0897	-0.0784	0.2039	0.2593	-0.0369	-0.0542	-0.4261	0.1754	-0.0527	0.0701	-0.0065	-0.0036	0.0865	-0.0673	0.1133	21.159	37.855	24.034
3	1.052	0.0701	0.2806	1.9253	-0.1669	2.4828	0.0631	-0.0004	-0.0921	0.0459	-0.007	0.1637	0.2356	-0.1654	-0.0562	0.0255	-0.0154	-0.0035	0.0407	-0.0293	0.0535	6.922	18.206	14.153
4	7.0887	-0.043	3.1316	4.3833	-0.3623	7.8538	-0.0697	-1.3672	0.496	1.1719	-0.0483	-0.6315	-0.3163	-0.1446	0.118	0.3215	-0.0162	-0.1526	0.6175	-0.1711	0.274	58.426	9.882	38.113
5	2.6442	0.7016	0.2473	1.9032	-0.1111	1.4498	-0.0368	-0.2285	-0.3716	0.1667	0.0462	-0.0212	0.2334	0.0559	-0.0094	0.1089	0.0804	0.0111	0.0891	0.0295	0.0841	34.203	-11.439	20.187
6	2.4642	0.7052	0.4827	1.7782	-0.3749	1.9887	-0.0787	0.1701	0.0631	-0.1699	0.0317	0.0302	-0.0582	0.0465	0.0471	0.0338	0.0046	0.0022	0.018	0.0094	0.0068	29.793	5.238	0.387

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	449 - 561
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	562 - 740
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	768 - 945
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	449 - 561
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	562 - 740
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	768 - 946

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関連情報:EMDBヘッダ

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