PDB-3k4n: Pyranose 2-oxidase F454A/S455A/Y456A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4n

タイトル

Pyranose 2-oxidase F454A/S455A/Y456A mutant

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / F454A/S455A/Y456A MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Importance of the gating segment in the substrate-recognition loop of pyranose 2-oxidase.
著者: Spadiut, O. / Tan, T.C. / Pisanelli, I. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4n.cif.gz	237.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4n.ent.gz	188.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4n_validation.pdf.gz	950.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4n_full_validation.pdf.gz	979 KB	表示
XML形式データ	3k4n_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	3k4n_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4jC 3k4kC 3k4lC 3k4mC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign 3bg6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tzl-2 3k4j-1 3fdy-1 2ign-2 4mok-d 3k4l-1 4moi-1 4mof-1 2igk-2 2igo-2 3lsh-d 3k4c-d 4mop-d 4moh-1 1tt0-d 3k4k-1 4mom-d 2igo-1 3k4b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
280 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.578, 101.578, 249.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69229.594 Da / 分子数: 2 / 変異: F454A, S455A, Y456A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 34840 / Num. obs: 34840 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.192 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1776 / R_sym value: 0.883 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2IGO

2igo

解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 29.314 / SU ML: 0.289 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27361	1931	5.5 %	RANDOM
R_work	0.19121	-	-	-
all	0.19571	32909	-	-
obs	0.19571	32909	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9008	0	106	149	9263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	9352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.81	1.96	12724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.003	3	15302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.668	5	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.645	24.505	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.874	15	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.474	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	6913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	4576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.734	1.5	7228
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.117	1.5	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.952	2	9300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.469	3	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.221	4.5	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.897 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	255	-
R_work	0.242	4676	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3942	-0.0798	0.2122	0.2681	-0.0272	0.1153	0.0449	0.0051	-0.0382	-0.0339	-0.0148	0.1011	0.0413	0.0078	-0.03	0.0651	-0.0081	0.0252	0.0488	0.0023	0.083	1.4471	8.328	-29.054
2	0.343	0.0384	0.0864	0.2025	-0.0723	0.1867	-0.0085	0.0005	-0.0073	-0.0248	0.0245	0.0263	0.0175	-0.0102	-0.016	0.0774	-0.0005	-0.0144	0.0153	0.0069	0.0637	-5.816	16.5995	-29.0872
3	0.3811	0.211	-0.1211	0.3969	-0.0959	0.2687	0.0337	-0.1278	0.0524	0.0189	-0.0349	0.0022	-0.0136	0.0783	0.0013	0.0527	0.0101	-0.0146	0	-0.0101	0.0463	-9.6362	14.3262	-21.2262
4	0.3822	0.7468	-0.2628	1.5375	-0.667	0.4814	-0.0159	-0.101	-0.0669	-0.0198	-0.0469	-0.1562	0.0254	-0.0323	0.0628	0.0452	0.0019	-0.0058	0.0787	-0.0125	0.0889	-25.1517	3.2577	-16.779
5	0.1861	0.0592	-0.0288	0.1588	-0.18	0.2129	0.01	-0.0029	0.0149	-0.0157	-0.0045	0.0097	-0.0596	-0.0015	-0.0055	0.0827	-0.0025	0.0039	0.0253	-0.0166	0.0745	-3.3863	23.7965	-22.2558
6	0.416	0.0807	-0.0494	0.8188	-0.0748	0.0112	0.0327	0.0014	0.0472	-0.1237	-0.0333	0.0155	-0.0405	0.1104	0.0006	0.0978	0.0158	-0.0267	0.0362	-0.022	0.0625	1.0341	-11.918	-32.1212
7	0.1241	0.0087	-0.0337	0.145	0.1534	0.23	-0.0024	0.0502	-0.042	-0.013	0.0124	-0.0164	0.0112	0.0132	-0.01	0.0723	0.0033	0.0106	0.032	0.0018	0.077	9.0212	-17.3624	-22.7516
8	0.4907	0.2574	0.1065	0.4224	0.0561	0.2905	0.0311	-0.0217	0.0011	-0.0526	-0.0319	0.0506	0.0161	-0.0098	0.0008	0.0485	0.0389	-0.0055	-0.0137	-0.0176	0.0597	7.2172	-15.8255	-25.806
9	0.5912	1.2061	0.4945	2.5107	1.0795	0.5131	0.0018	-0.0208	0.0667	0.0386	-0.0363	0.1689	-0.0225	-0.006	0.0345	0.0574	0.0226	0.0191	0.026	-0.0003	0.0824	20.7442	-6.5244	-14.0509
10	0.0737	-0.0177	0.1306	0.39	0.059	0.2526	-0.0068	0.0261	-0.0277	-0.0248	0.0468	0.0631	0.0446	0.0675	-0.04	0.0743	-0.0025	0.0026	0.0328	-0.0118	0.0772	2.9426	-26.4278	-21.1037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	130 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	308 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	403 - 463
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	464 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	46 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	121 - 268
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	269 - 416
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	417 - 466
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	467 - 618

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)