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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k4e | ||||||
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タイトル | Puf3 RNA binding domain bound to Cox17 RNA 3' UTR recognition sequence site A | ||||||
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![]() | RNA Binding protein / RNA / PUF3 / PUMILIO / RNA BINDING / mitochondrial mRNA / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion outer membrane / Phosphoprotein / RNA-binding / RNA Binding protein - RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of ubiquinone biosynthetic process / mitochondrion localization / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / intracellular mRNA localization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / aerobic respiration / mitochondrion organization / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation ...regulation of ubiquinone biosynthetic process / mitochondrion localization / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / intracellular mRNA localization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / aerobic respiration / mitochondrion organization / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, D. / Stumpf, C.R. / Krahn, J.M. / Wickens, M. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A 5' cytosine binding pocket in Puf3p specifies regulation of mitochondrial mRNAs. 著者: Zhu, D. / Stumpf, C.R. / Krahn, J.M. / Wickens, M. / Hall, T.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42335.121 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 511-879 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: genomic DNA / 遺伝子: L1325, PUF3, YLL013C / プラスミド: pTYB3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 3123.876 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA oligonucleotides were obtained from Dharmacon, Inc 参照: ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.8 詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, 2% dextran sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月12日 |
放射 | モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 23487 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3K49 解像度: 3.2→28.91 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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