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- PDB-3k4e: Puf3 RNA binding domain bound to Cox17 RNA 3' UTR recognition seq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4e
タイトルPuf3 RNA binding domain bound to Cox17 RNA 3' UTR recognition sequence site A
要素
  • RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
  • mRNA-binding protein PUF3
キーワードRNA Binding protein / RNA / PUF3 / PUMILIO / RNA BINDING / mitochondrial mRNA / Membrane / Mitochondrion / Mitochondrion outer membrane / Phosphoprotein / RNA-binding / RNA Binding protein - RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ubiquinone biosynthetic process / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / intracellular mRNA localization / mitochondrion localization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to glucose starvation / aerobic respiration / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding ...regulation of ubiquinone biosynthetic process / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / intracellular mRNA localization / mitochondrion localization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to glucose starvation / aerobic respiration / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / mitochondrion organization / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / mRNA-binding protein PUF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhu, D. / Stumpf, C.R. / Krahn, J.M. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A 5' cytosine binding pocket in Puf3p specifies regulation of mitochondrial mRNAs.
著者: Zhu, D. / Stumpf, C.R. / Krahn, J.M. / Wickens, M. / Hall, T.M.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-binding protein PUF3
B: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
C: mRNA-binding protein PUF3
D: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
E: mRNA-binding protein PUF3
F: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,3776
ポリマ－136,3776
非ポリマー00
水1,67593
1
A: mRNA-binding protein PUF3
B: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4592
ポリマ－45,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
2
C: mRNA-binding protein PUF3
D: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4592
ポリマ－45,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
3
E: mRNA-binding protein PUF3
F: RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4592
ポリマ－45,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.078, 87.134, 124.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 mRNA-binding protein PUF3 / Pumilio homology domain family member 3


分子量: 42335.121 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 511-879 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: genomic DNA / 遺伝子: L1325, PUF3, YLL013C / プラスミド: pTYB3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07807
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量: 3123.876 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA oligonucleotides were obtained from Dharmacon, Inc
参照: PDB-3K49
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4.8
詳細: 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, 2% dextran sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月12日
放射モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 23487 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K49

3k49


解像度: 3.2→28.91 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 1204 -
Rwork0.247 --
obs0.252 23451 97.8 %
all-23451 -
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8313 630 0 93 9036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8412432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0463474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2013-3.32930.35831060.29630X-RAY DIFFRACTION82
3.3293-3.48060.32731400.27420X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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