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- PDB-3k46: Crystal structure of full-length E. coli beta-glucuronidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k46
タイトルCrystal structure of full-length E. coli beta-glucuronidase
要素Beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel / sugar-binding domain / beta-sandwich domain / glycosyl hydrolase / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Lane, K.T. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Alleviating cancer drug toxicity by inhibiting a bacterial enzyme.
著者: Wallace, B.D. / Wang, H. / Lane, K.T. / Scott, J.E. / Orans, J. / Koo, J.S. / Venkatesh, M. / Jobin, C. / Yeh, L.A. / Mani, S. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4942
ポリマ－137,4942
非ポリマー00
水6,431357
1
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase

A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,9884
ポリマ－274,9884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13240 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area82390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.745, 76.193, 125.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-736-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase


分子量: 68746.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1617, gurA, gusA, JW1609, uidA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.4
詳細: 15% PEG 3350, 0.2M Mg Acetate, 0.02% Sodium azide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 43689 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / % possible all: 82.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å47.63 Å
Translation3 Å47.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K4A

3k4a


解像度: 2.5→30.62 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.7 / 位相誤差: 29.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 2205 5.07 %
Rwork0.214 --
obs0.217 43507 95.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.5 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 80.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.889 Å20 Å2-0.098 Å2
2--18.59 Å2-0 Å2
3----5.701 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9561 0 0 357 9918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81513353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0993455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.497-2.55150.39451050.28631885X-RAY DIFFRACTION71
2.5515-2.61080.35231360.27772252X-RAY DIFFRACTION85
2.6108-2.67610.33721450.27452433X-RAY DIFFRACTION90
2.6761-2.74840.33241400.26772479X-RAY DIFFRACTION94
2.7484-2.82920.33541390.24212650X-RAY DIFFRACTION98
2.8292-2.92040.33611460.25512643X-RAY DIFFRACTION99
2.9204-3.02470.29871230.24862668X-RAY DIFFRACTION99
3.0247-3.14570.31521480.24152665X-RAY DIFFRACTION99
3.1457-3.28870.291410.22372676X-RAY DIFFRACTION99
3.2887-3.46190.25151210.21022693X-RAY DIFFRACTION99
3.4619-3.67850.25381400.20782674X-RAY DIFFRACTION99
3.6785-3.96190.27671620.18182645X-RAY DIFFRACTION99
3.9619-4.35960.21381280.17112708X-RAY DIFFRACTION100
4.3596-4.98810.1741470.15722705X-RAY DIFFRACTION100
4.9881-6.27560.23311400.18972733X-RAY DIFFRACTION100
6.2756-30.62330.24161440.19512793X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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