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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k3r | ||||||
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タイトル | Unrefined crystal structure of a LexA-DNA complex | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / winged helix-turn-helix / double helix / repressor / LexA / SOS system / Autocatalytic cleavage / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / Hydrolase / SOS response / Transcription / Transcription regulation / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() repressor LexA / DNA-binding transcription repressor activity / SOS response / protein-DNA complex / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...repressor LexA / DNA-binding transcription repressor activity / SOS response / protein-DNA complex / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA damage response / proteolysis / DNA binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, A.P.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the LexA-DNA complex and implications for SOS box measurement. 著者: Zhang, A.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 365 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22330.611 Da / 分子数: 2 / 変異: K156A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 8931.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40mM Tris-HCl, 1mM EDTA, 10mM MgCl2, 0.1M NaCl, 5mM spermidine, 10% glycerol, 12% (w/v) PEG5000, pH 8.5, hanging drop, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日 / 詳細: mirros |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 14447 / Num. obs: 14447 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 13.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. reflection all: 14447 / Num. reflection obs: 14447 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 詳細: This is an unrefined, Ca/P only, protein/DNA crystal structure | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.82 Å2 / Biso min: 26.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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