PDB-3k3n: Crystal structure of the catalytic core domain of human PHF8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k3n

タイトル

Crystal structure of the catalytic core domain of human PHF8

要素

PHD finger protein 8

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PHF8 (PHD finger protein 8) / histone demethylase / chromatin modification / methylated H3K9 / Mental retardation / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K20 demethylase activity / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / histone H3K36 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yu, L. / Wang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Deng, Z. / Wu, W. / Gong, W. / Chen, Z.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into a novel histone demethylase PHF8
著者: Yu, L. / Wang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Deng, Z. / Zhang, Q. / Wu, W. / Zhang, X. / Liu, Z. / Gong, W. / Chen, Z.

履歴

登録	2009年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k3n.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k3n.ent.gz	63.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k3n_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k3n_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	3k3n_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	3k3n_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k3oC 2yu2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3k3o-d 3r18-d 2a99-d 1fcu-d 3kvb-d 6xid-d 6y0k-d 1x0r-6 5x3e-2 1jxo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
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ロドプシン (Rhodopsin)
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フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PHD finger protein 8

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.238, 52.583, 134.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHD finger protein 8 / PHF8 分子量: 43279.344 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 86-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF8 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) cells 参照: UniProt: Q5JPR9, UniProt: Q9UPP1PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q5JPR9, UniProt: Q9UPP1PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 200mM KCl, 100mM Mes, 20% PEG5K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97939 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月31日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 15300 / Num. obs: 14988 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 616 / R_sym value: 0.37 / % possible all: 4.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YU2

2yu2

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.367 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	752	5.1 %	RANDOM
R_work	0.222	14109	-	-
obs	0.224	14109	98.32 %	-
all	-	14861	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.77 Å² / B_iso mean: 33.634 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2648	0	1	111	2760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.94	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.328	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.369	23.636	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.909	15	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.318	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.329	1.5	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.617	2	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.807	3	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.318	4.5	927

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	43	-
R_work	0.305	889	-
all	-	932	-
obs	-	-	88.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.4127	-4.7854	-9.1418	11.5831	11.2581	13.0867	0.4046	2.0975	-2.7155	0.4838	0.2272	-2.4012	0.0855	-0.7918	-0.6318	0.8021	0.2233	-0.2826	0.8136	-0.7192	2.121	-7.565	-19.898	-7.142
2	7.7279	-0.9102	2.4366	7.2981	0.8591	3.9837	-0.0035	-0.096	-1.0648	0.5965	0.0782	1.1622	0.4328	-0.7322	-0.0747	0.2314	-0.1625	0.0956	0.2235	0.0013	0.2992	-29.807	-11.48	-16.437
3	2.2261	-1.7512	3.7632	7.2861	0.0245	9.7787	0.1704	-0.065	-0.5172	-0.0217	-0.0651	0.8521	0.4924	-0.4136	-0.1053	0.0931	-0.0931	-0.0037	0.1029	-0.0485	0.312	-25.988	-10.73	-21.011
4	4.0342	-2.8563	1.3073	5.78	-1.1867	5.6222	0.4961	0.5785	0.4165	-0.7448	-0.2021	-0.8791	0.0855	0.7968	-0.294	0.2057	0.0266	0.2564	0.4345	-0.1021	0.3686	-3.585	-6.485	-30.86
5	7.4324	-6.1134	-0.0897	8.7535	1.0248	3.4055	0.1821	0.0959	0.0811	-0.2816	-0.0025	-0.3095	0.0748	0.3343	-0.1796	0.0645	0.0076	0.1047	0.1695	-0.038	0.2103	0.827	-9.831	-27.27
6	0.4835	-0.528	0.4995	1.8355	0.981	2.4011	0.2972	0.2686	0.1996	-0.6667	-0.2244	-0.424	-0.0447	0.2705	-0.0728	0.3639	0.0024	0.1314	0.5151	0.0487	0.2953	-16.145	-1.17	-34.357
7	2.0895	0.3977	1.1715	9.7082	-2.8849	3.3222	-0.1495	0.4555	0.2187	-0.7011	0.0018	0.2472	-0.1324	-0.2506	0.1476	0.1212	0.0581	-0.0352	0.2712	0.0164	0.0365	-25.025	8.025	-25.811
8	2.436	-1.5541	-0.0959	5.7224	-0.8345	2.359	0.0799	0.3426	0.2611	-0.0988	-0.0411	-0.8121	0.0111	0.1939	-0.0388	0.0182	-0.0038	0.0243	0.1115	-0.0297	0.1487	-11.81	-0.622	-20.441
9	2.9144	-0.98	-0.5218	4.3556	1.8405	9.6044	-0.0471	-0.1111	-0.2111	0.4623	0.1109	-0.4053	0.261	0.0448	-0.0638	0.1439	-0.0083	-0.0526	0.0099	-0.0008	0.0737	-14.734	-8.476	-11.061
10	8.644	2.2677	-3.8344	6.9336	-4.1594	3.4149	-0.1177	-0.0185	0.2825	0.4742	-0.4409	-1.173	-0.0812	0.449	0.5586	0.2612	0.1853	-0.1436	0.5225	0.0101	0.4563	-2.461	-2.255	-1.955
11	2.4118	-0.1552	0.7889	1.3571	1.8953	10.1874	-0.0797	-0.2708	-0.4061	0.5106	0.1143	-0.2398	0.7477	0.0681	-0.0346	0.3201	0.0445	-0.073	0.0451	0.0535	0.2419	-12.819	-13.606	-7.439
12	1.5225	-0.7982	0.6541	5.111	-0.7159	2.7074	0.0627	0.2505	-0.1338	-0.0021	0.0021	-0.3005	0.2941	0.0313	-0.0647	0.0985	-0.0129	-0.0156	0.0592	-0.0431	0.0608	-16.65	-7.265	-18.593
13	9.942	-1.4068	1.5783	6.6708	-4.342	7.8527	0.1531	-0.1325	-0.0539	0.6283	-0.1481	-0.2293	0.3613	-0.1217	-0.005	0.1868	-0.0409	-0.0581	0.0284	-0.0042	0.0346	-20.474	6.677	-8.4
14	5.8621	-1.8558	7.6722	0.6779	-2.2972	10.6904	0.0431	0.6214	0.2525	0.0361	-0.1402	-0.2784	-0.157	1.2466	0.097	0.3413	-0.0675	-0.0792	0.4699	-0.0017	0.4783	-11.001	9.184	-12.381
15	6.7921	0.5922	-0.8567	3.2086	0.6989	1.4874	-0.1262	0.6496	0.3231	-0.0597	0.0091	0.2046	-0.2038	-0.4264	0.1172	0.0869	0.0616	-0.0004	0.1605	0.005	0.0532	-30.662	15.543	-16.759
16	8.6782	-0.8399	2.1416	7.8942	-1.6715	2.9071	0.2694	-0.0589	-0.3965	-0.1426	0.0553	1.0898	0.0416	-0.6573	-0.3247	0.0964	-0.0117	0.0681	0.3326	-0.0952	0.358	-42.768	9.056	-13.809
17	10.6895	4.8462	1.1116	8.0253	1.8939	2.4476	-0.0594	-0.1431	0.2199	0.3989	-0.0823	0.3032	-0.0816	-0.2457	0.1417	0.0574	0.0262	0.0127	0.0319	-0.0082	0.0167	-27.212	14.957	-7.371
18	1.1927	-1.3382	-1.5267	6.2373	1.1528	15.4044	-0.1653	0.0085	-0.189	0.2371	-0.0172	-0.0102	-0.0654	0.2438	0.1824	0.1044	-0.0059	-0.0168	0.0049	-0.0029	0.0647	-15.251	24.554	-5.676
19	9.3691	-0.4145	-1.4673	4.0638	1.7225	2.7168	0.0224	0.4166	1.0219	0.0336	0.0933	-0.1169	-0.5385	-0.1183	-0.1157	0.1912	0.0373	-0.0107	0.0282	0.0416	0.1198	-24.221	23.521	-14.149
20	12.0314	4.5952	-7.5479	1.7915	-3.3553	11.126	-0.0184	0.3859	0.4533	0.0121	0.1662	0.1713	-0.1577	-0.6472	-0.1477	0.2033	0.0728	0.1024	0.1309	-0.0125	0.1526	-43.256	16.212	-4.439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	91 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	97 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	119 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	136 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	174 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	195 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	209 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	224 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	257 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	281 - 290
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	291 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	308 - 338
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	339 - 349
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	350 - 363
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	364 - 383
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	384 - 392
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	393 - 408
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	409 - 415
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	416 - 434
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	435 - 445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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